Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2024

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

Нам желательно, чтобы задания по блоку 3 почти не накладывлись на задания по программированию. Поэтому ставлю deadline без потери баллов для всех обязательных зданий (см. ниже) в ведомости ставлю на ночь с воскресенья на понедельник

Практикум 8

1. Следует сделать Google doc со всеми разделами, перечисленными в задании - от названия обзора до списка литературы.
   1. В раздел Результаты следует включить подраздел Гистограмма длин белков и поместить в него рисунок с гистограммой построенной в задании 7_home. Правильной, а то видал и ошибки при вычислении гистограммы. Правильная выглядит как горбик: мало коротких и мало длинных а между ними горбик. И пара фраз про то, что видно на гистограмме

   2. В раздел Введение следует включить таксономию вида вашей бактерии. Обычно есть в wiki. Напишите примерно такую фразу во введении "Таксономия моей бактерии: ..... [1]" В разделе Литература напишите [1] wikipedia страница https://en.wikipedia.org/wiki/......

   3. Кроме Гистограммы длин белков для зачёта пр.8_home следует выполнить ещё ОДНО задание из списка. Самые простые по моему, такие:
      1. 3.8 hist_GC% в генах. Такой столбец есть в Feature_table
      2. 3.3 inter_CDS_his гистограмма межгенных промежутков
      3. 3.4 intersecting_CDS_hist. Некоторые гены белков (CDS) могу пересекаться, что само по себе интересно.Почему? Ведь ДНК зависимые РНК полимеразы могут сталкиваться при их трансляции. Я бы отключил огаричения, написанные в задании, и брал гены на обеих цепочках независимо от того в какую сторону они направлены.При сортировке по началу генов. Это те гены, у которых конец предыдущего больше начала следующего.Потом можно будет развить эту тему
      4. 3.12 Вычислить процент суммы длин CDS от длины репликона. РЕПЛИКОН это одна ДНК, реплицирующаяся отдельно от других. Хромосома или плазмида или ещё что-нибудь.

Выполненное ещё одно задание (1е гистограмма длин белков), мошно включить в отдельный раздел обзор а можо и просто поставить ссылку на страницу на котрой представлен результат. Оформите обзор потом.

ДОСТАТОЧНО.

Зачёт блока 3

1. Документ с таблицами, каждая на своей странице (пр.8_класс)
   1. Feature table без незначимых колонок, и числами как числа а не как текст (пр.7_home)
   2. genes - список всех генов
   3. CDS_with_proteins
   4. CDS_without_proteins. Как такое может быть? Зачем они бактерии?
2. Страница с гистограммой длин белков и с рисунком её, вставленным потом в обзор.
3. Google doc с разделами (пр.8_home)
   • ТРИ ДОКУМЕНТА
4. Настаиваю на выполнении пр.8_класс_задание 1. На совмещение двух таблиц с информацией о ДНК метилтрансферазах с помощью vlookup(ВПР). По жизни очень нужная функция. В силу сложившихся обстоятельств в зачёт блока её не включил, но баллы за неё идут. Срок сдачи не важен