Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2024

Семестры Студенты Преподаватели

• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017
• 2016

• ...

aa = amino acid resudues = аминокислотные остатки

Пояснения

1. Банк Uniprot (Uniprot.org) для всех белков с расшифрованной последовательностью aa хранит эту последовательность и краткую информацию о белке.

ОДИН белок закодирован в ОДНОМ гене ОДНОГО генома.

ОДИН геном человека — это геном ОДНОГО человека.

ОДИН геном бактерии — это геном одного штамма бактерии потому, что одна клетка бактерии равна одному "организму" но не представляет из себя индивидуальности. Смысл имеет только усреднённый геном совокупности близкородственных бактерий, т.е. штамма.

Информация об одном белке сохраняется в ОДНОЙ ЗАПИСИ банка данных Uniprot. Она включает:

• ИДЕНТИФИКАТОР ЗАПИСИ, сокращённо ID
• ВТОРОЙ идентификатор, т.н. "код доступа" = accession code, AC [поиском по любому из идентификаторов вы быстро найдёте запись в Uniprot]
• НАЗВАНИЕ БЕЛКА, DE
• Организм, из которого выделен белок или его ген, OS
• Полная таксономия организма, OC
• Последовательность белка в однобуквенном коде расположена в конце записи, SQ

2. ПРИМЕР фрагмента записи одного белка

ID   TERT_ARATH              Reviewed;        1123 AA.
AC   Q9SPU7; Q9SE99;
DT   21-SEP-2011, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot.
DT   01-MAY-2000, sequence version 1.
DT   24-JUL-2024, entry version 139.
DE   RecName: Full=Telomerase reverse transcriptase;
DE            Short=AtTERT;
DE            EC=2.7.7.49;
GN   Name=TERT; OrderedLocusNames=At5g16850; ORFNames=F5E19.190;
OS   Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress).
OC   Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
OC   Spermatophyta; Magnoliopsida; eudicotyledons; Gunneridae; Pentapetalae;
OC   rosids; malvids; Brassicales; Brassicaceae; Camelineae; Arabidopsis.
....................................................................
SQ   SEQUENCE   1123 AA;  130580 MW;  5645B8295817B7F6 CRC64;
     MPRKPRHRVP EILWRLFGNR ARNLNDAIVD LIPNRNIQPE QCRCRGQGCL GCSSDKPAFL
     LRSDDPIHYR KLLHRCFVVL HEQTPPLLDF SPTSWWSQRE IVERIIEMMQ SGCDCQNVIC
     ARYDKYDQSS PILELLTSSS WEFLLKRVGH DVMVYLLQQT SIFLPLLGKK HQQVSGPPLC
     IKHKRTLSVH ENKRKRDDNV QPPTKRQWLS SAVDDCPKDD SATITPIVGE DVDQHREKKT
     TKRSRIYLKR RRKQRKVNFK KVDCNAPCIT PSTNGKVSTG NDEMNLHIGI NGSLTDFVKQ
     AKQVKRNKNF KFGLSETYSV IPPNHILKTL RPNCSDSKLL MNHIFGEVNV WSTTPSHGKG
     NCPSGSICLY HSLLKSLKNL IGKTKSSHLK MLLDKHCPVL LLQEDALKSG TTSQSSRRQK
     ADKLPHGSSS SQTGKPKCPS VEERKLYCTN DQVVSFIWAI CRYIVPESLL GTTHQMRVLR
     KNIAWFVSRR RNEKCTVNQF LHKVKPSDFP FFARKELCCM VNGHELQSES IRSTQQMLCT
     KWISWLFLEI VKKLVHFNFY ATESQGGRLN IYYYRKRSWE RLISKEISKA LDGYVLVDDA
     EAESSRKKLS KFRFLPKANG VRMVLDFSSS SRSQSLRDTH AVLKDIQLKE PDVLGSSVFD
     HDDFYRNLCP YLIHLRSQSG ELPPLYFVVA DVFKAFDSVD QGKLLHVIQS FLKDEYILNR
     CRLVCCGKRS NWVNKILVSS DKNSNFSRFT STVPYNALQS IVVDKGENHR VRKKDLMVWI
     GNMLKNNMLQ LDKSFYVQIA GIPQGHRLSS LLCCFYYGHL ERTLIYPFLE EASKDVSSKE
     CSREEELIIP TSYKLLRFID DYLFVSTSRD QASSFYHRLK HGFKDYNCFM NETKFCINFE
     DKEEHRCSSN RMFVGDNGVP FVRWTGLLIN SRTFEVQVDY TRYLSGHISS TFSVAWQNKP
     VRNLRQKLCY FLVPKCHPIL FDSNINSGEI VRLNIYQIFL LAAMKFHCYV YEVSRFWKLH
     PQTLFKFITI SVRYMFRLIN RRVRRINTGS SFRPVLKLYK EEVIWLGLDA YIQVLKKKNS
     RYRMLLIYLK SALSKH