Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2024
Что нужно знать и уметь на контрольной
Файловая система Linux
- Полное имя (путь) файла/папки, абсолютный и относительный путь.
- Как отличить абсолютный путь от относительного.
- Чем отличается короткое имя файла/папки от полного имени.
- Что такое текущая/рабочая/активная, родительская и корневая папки. Как они обозначаются.
- Что такое домашняя папка пользователя и её обозначение в bash. Чем это обозначение принципиально отличается от обозначений текущей, родительской и корневой папок.
- Что такое скрытые файлы и папки.
SSH, SFTP/SCP
- Где найти командную строку на ПК в классе или своем ноутбуке.
Консольные клиенты ssh и sftp (или scp). Как при подключении указывать адрес и порт SSH-сервера, имя и пароль пользователя.
- SFTP/SCP (достаточно любого из вариантов):
основные команды sftp: get, put, [l]cd, [l]pwd, [l]ls, help, exit;
как составлять имена файлов на удаленном сервере для scp.
Интерпретатор команд bash
- Что такое команда, аргумент командной строки. Что делает bash после ввода команды пользователем.
Приглашение командной строки, какие данные содержит. Что означает приглашение в виде единственного символа >.
Для чего используются комбинации Ctrl+C, Ctrl+D, Tab, Tab Tab и стрелочки в интерактивном сеансе bash.
- Что такое специальный символ bash.
- Экранирование специальных символов с помощью одинарных кавычек и обратного слеша.
- Маски имен файлов. Какие символы применяются, как и когда происходит подстановка имен.
- Подстановка фигурных скобок. Чем отличается от масок.
- Стандартные потоки ввода/вывода. Какие существуют. Перенаправление стандартных потоков в/из файла.
- Конвейеры.
- Запуск bash в неинтерактивном режиме для исполнения команд, записанных в файл.
Cправка man
- Как получить справку о программе.
- Как выйти из less.
- Раздел SYNOPSIS, используемые обозначения.
- Обозначения опций: короткие и длинные опции, наличие/отсутствие аргумента у опции.
Редактор nano
- Как создать новый файл. Как открыть файл для редактирования.
- Обозначения горячих клавиш.
- Сохранение изменений, выход без сохранения.
- Изменение кодировки переносов строк.
Консольные программы Linux и их опции
Перечисленные программы надо не просто "знать", а уметь использовать!
echo, man
cd, pwd, ls [-1la]
cp, mv, rm [-ir], mkdir, rmdir
du [-bh], file
less [-USN], nano
cut [-fcd], head [-n], tail [-n], tr [-d], sort [-runhV], uniq [-c], cat, wc [-l]
ssh, sftp (scp), wget, gunzip