Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2024

Семестры Студенты Преподаватели

• 2025
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Программа коллоквиума 13 марта 2026

Коллоквиум будет состоять из двух частей: краткий отчет по трем практикумам и ответы на теоретические вопросы. ВАЖНО! Для каждого дерева, которое вы демонстрируете, вы должны уметь рассказать:

1. По каким последовательностям оно построено,
2. Какая модель эволюции использовалась (и что она собой представляет),
3. Какой алгоритм реконструкции филогении был использован,
4. Какая программа (в которой реализован этот алгоритм)была использована,
5. Как дерево было укоренено,
6. Сколько было реплик бутстрепа.

Параметры построения дерева можно перечислить в подписи к рисунку, так точно не запутаетесь!

Рассказывая о практикумах, нужно будет:

1. Продемонстрировать результаты реконструкции филогении тремя способами, рассказать про эти методы (к какому классу относятся алгоритмы, как работают,какие модели были использованы).
2. Для одного из деревьев: указать все нетривиальные ветви.
3. Открыть на своей странице изображение эталонного дерева данных организмов. Сказать, противоречит ли топология реконструированного дерева топологии эталонного. Если противоречит, то указать противоречащие ветви ветви. Если нет, то объяснить, почему вы в этом уверены.
4. Продемонстрировать результат бутстреп-анализа (задание 2 к занятию 3). Объяснить, как проводится бутстреп-анализ, в частности, смысл чисел на ветвях. Сравнить результат бутстреп-анализа с эталонным деревом. Если не все ветви верные: верно ли, что неверные ветви хуже поддержаны?
5. Продемонстрировать дерево с внешней группой, прокомментировать корректность укоренения с помощью внешней группы.
6. Продемонстрировать результат реконструкции филогении тех же животных по 12S рРНК, сравнить с эталоном и с деревьями по белку, прокомментировать.

Теоретические вопросы (надо будет ответить на два вопроса из списка ниже):

1. Опишите судьбу возникшей в популяции мутации. Каков может быть ее конец? От чего это зависит?
2. В чем заключается принцип молекулярных часов? Всегда ли он работает?
3. Что такое модель эволюции и чем могут различаться разные модели?
4. Опишите классификацию методов филогенетической реконструкции.
5. Зачем укоренять дерево? Можно ли анализировать неукорененное дерево, если его сложно укоренить?
6. Опишите способы укоренения дерева, их преимущества и недостатки.
7. Какой метод реконструкции строит укорененное дерево? Как это следует из его алгоритма? При каком предположении имеет смысл применять этот метод?
8. Чем разные переборные методы отличаются друг от друга? Приведите пример.
9. На нарисованном преподавателем дереве проведите процедуру NNI и SPR.
10. Что такое ортологи и паралоги?
11. Почему дерево ортологичных белков не всегда совпадает с деревом соответствующих организмов?
12. Что такое "ультраметрическое дерево"? При каком предположении имеет смысл строить такое дерево?
13. Объяснить, как расстояния между последовательностями оцениваются на основании принципа наибольшего правдоподобия.
14. Сколько ветвей у разрешённого дерева с n листьями? Сколько из них нетривиальных?
15. Как подсчитать число различных (разрешённых и неукоренённых) деревьев для заданного набора организмов?