Семестр 4. Эволюция последовательностей
Результаты Только для студентов и преподавателей
Записаться в очередь на проверку
Блок 1. Молекулярная филогения
1. Филогенетические деревья
13 февраля, Е.Д. Рюмина, Ю.А. Алешина
[ задание ] [ презентация [ЮА] ]
2. Алгоритмы филогенетической реконструкции
20 февраля, С.А. Спирин, Д.В. Диброва
[ задание ] [ презентация [ДД] ] [ презентация [САС] ]
3. Алгоритмы (окончание). Укоренение. Сравнение деревьев. Бутстрэп
27 февраля, С.А. Спирин, Е. Рюмина
[ задание ] [ презентация [САС] ] [ презентация [ЕД] ]
4. Семинар по практическим аспектам реконструкции филогении
6 марта, С.А. Спирин [Е. Рюмина, Д.Д. Диброва, Ю.А. Алёшина]
[ задание ] [ Файлы для тренировки с iTOL ] [ презентация ]
5. Коллоквиум
13 марта
[ программа ]
Блок 2. Функции белков
6. Базы данных KEGG и GO
20 марта, А.А. Жарикова, Ю.А. Алёшина
[ презентация ] [ Списки ID ] [ задание ]
7. Трансмембранные белки
27 марта, Д.В. Диброва, С.А. Спирин
[ задание ] [ презентация ]
Блок 3. Сигналы и мотивы
8. Мотивы и формы их представления
3 апреля, С.А. Спирин, Р.А. Ириоглов
[ задание ]
9. Информационное содержание мотива. PSSM. PSI-BLAST
10 апреля, С.А. Спирин, Р.А. Ириоглов
В начале занятия — мини-контрольная по PWM

2025
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
[ контрольная по PWM ] [ задание ] [ презентация ]
[ контрольная по Л8; откроем в 9:00 19 апр ] Правильные ответы закроют соответствующие темы коллоквиума
10. Мотивы в белках паттерны и PSSM для их поиска
11 апреля, А.В. Алексеевский, Р.А. Ириоглов
[ презентация pdf AAl ] [ презентация pptx РИ ] [ Mtase-classD ] [ Mtase-classB ] [ выравнивание Mtase-classC для практического задания в классе ]
[ задание на дом ] [ пояснения ]
11. HMM-профили и эволюционные домены
18 апреля, С.А. Спирин, Р.А. Ириоглов
[ презентация ] [ задание на дом (для тех, кто не справился с работой в классе)]
12. Коллоквиум
25 апреля
[ программа ]