2025
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Программа коллоквиума за третий блок (8 и 15 мая 2026)
Нужно будет ответить на 17 вопросов.
- Что подразумевается в биоинформатике под словами "сигнал" и "мотив"?
- Паттерны
- Напишите паттерн по заданному выравниванию
- Напищите два разных примера последовательности, подходящей под заданный паттерн
- Прокомментировать свой отчёт по ДЗ по fuzzpro
- PWM
- Как по выравниванию составляется PWM (написать формулу и объяснить использованные обозначения)?
- Какие варианты псевдоотсчётов используются в PWM?
- Дана PWM, как в последовательности или в банке найти описанные ею мотивы?
- Информационное содержание (ИС)
- Формула для ИС и её смысл
- LOGO-диаграмма
- максимальное значение ИС одной позиции выравнивания
- Пакет MEME
- Программа MEME: что на входе, что на выходе, для чего нужна
- Варианты работы MEME: oops, zoops, anr
- Программа MAST
- Программа FIMO
- В какой ситуации лучше применять MAST, а в какой FIMO?
- Прокомментировать свой отчёт по ДЗ по MEME и MAST
- Прокомментировать свой отчёт по ДЗ по fuzznuc
- PSSM
- Отличия PSSM от PWM
- Как PSSM применяется для поиска белков описанного ею семейства?
- Описать этапы работы PSI-BLAST
- Прокомментировать свой отчёт по ДЗ по PSI-BLAST
- HMM-профили
- Что это такое (схема, какие величины нужно задать)?
- Как обучить HMM-профиль по выравниванию (основные идеи)?
- Как по HMM-профилю генерируется случайная последовательность?
- Как применить HMM-профиль к реальной последовательности (основаная идея, без подробностей)?
- ДЗ по HMM-профилям: выбор семейства и подсемейства
- ДЗ по HMM-профилям: построение профиля, его применение, выбор порога
- ДЗ по HMM-профилям: прокомментировать качество поиска вашим профилем
- Что содержится в Pfam?
- Что содержится в PROSITE?