2025
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Указания к практикуму 1
Как подобрать набор животных из выбранного таксона, для которых в Swiss-Prot имеется последовательность цитохрома B
Зайдите на сайт https://www.uniprot.org/ , пройдите по гиперссылке Advanced
- Левее верхнего окошка (там, где по умолчанию стоит "Gene Name[GN]") выберите поле Taxonomy[OC]
В окошке начните набирать латинское название таксона. Подсказка: латинское название по русскому можно узнать, например, в Википедии. Набирайте не спеша, в какой-то момент в выпадающем списке появится полное название вместе с числом (например, "Chiroptera (bats) [9397]"), нужно щелкнуть по нему.
Левее следующего окошка выберите "Entry Name[ID]", в окошко внесите CYB_*. Нажмите кнопку Search.
- Выберите несколько животных, не забывая записывать мнемоники (в столбце Entry name после знака подчёркивания). Не выбирайте животных, для которых в Swiss-Prot имеется лишь фрагмент цитохрома B (число аминокислотных остатков в белке не должно быть сильно меньше 350)
- Если находится очень много, можно взять нижележащий таксон, если мало — вышележащий (найдите таксон в NCBI, чтобы увидеть выше- и нижележащие таксоны)
- Повторяйте, пока не наберёте 10–15 животных
Визуализация дерева в iTOL
iTOL (interactive Tree of Life) - веб-сервис для визуализации деревьев.
Дерево в формате newick (скобочная формула) можно скопировать и вставить как текст в соответствующее окно веб-интерфейса (Tree text) или приложить как текстовый файл (Tree file).
У Вашего дерева организмов есть корень. Проверьте, что Вы его правильно задали скобочной формулой.
Экспорт изображения: в контрольной панели (Control panel) вкладка Export -> выбор формата (если сохраняете в png, установите разрешение как минимум 300 dpi) -> Export.