2025
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 2. Филогенетическая реконструкция и сравнение деревьев
Создайте выравнивание последовательностей цитохромов B из выбранных вами при выполнении предыдущего практикума животных.
Реконструируйте филогенетическое дерево тремя способами:
- Программой fastme, оценивая эволюционные расстояния как p-distance, остальные параметры по умолчанию.
- То же, но оценивая эволюционные расстояния с помощью модели MtREV.
- Программой iqtree со всеми параметрами по умолчанию.
Визуализируйте все три дерева сервисом iTOL. Для каждого дерева, если на дереве есть ветвь, в которой (согласно дереву видов) должен быть корень, то укорените дерево в эту ветвь. Сохраните изображения деревьев в формате PNG.
Сравните деревья с деревом видов и для каждого опишите ошибки реконструкции.
ВАЖНО!
Про КАЖДОЕ дерево в ваших отчетах должно быть понятно (т.е. указано в логичном месте в тексте, лучше всего - в подписи к рисунку):
- По каким последовательностям оно построено,
- Какая модель эволюции использовалась,
- Какой алгоритм реконструкции филогении был использован,
- Какая программа (в которой реализован этот алгоритм)была использована,
- Как дерево было укоренено,
См. подсказки
Отчёт по практикуму выложите на сайт до начала следующего занятия, со ссылкой со страницы семестра.
Напоминаем про важность оформления! Все рисунки в отчёте должны быть подписаны, причем подписаны информативно (например, можно прямо в подписи указать, какой программой и с какой моделью строилось дерево). Размер картинок тоже должен быть разумным: гигантские картинки не позволяют одновременно изучать их и сопровождающий текст. А если вы сравниваете две картинки, то в идеале они обе должны помещаться на мониторе (по желанию можно на самих картинках отметить различия, о которых вы говорите в тексте).