2025
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практикум 3
1. Реконструкция дерева по нуклеотидным последовательностям
Для выбранных вами животных реконструируйте дерево по последовательностям малой РНК митохондриальных рибосом (12S rRNA). Можно использовать fastme или iqtree. Сравните дерево с таксономией и с деревьями, построенными по последовательностям цитохромов B.
ВАЖНО! Если вам пришлось заменить организм, то на дереве подписывайте листья ОБЕИМИ мнемониками. Иначе невозможно сравнивать (можете старю указать в скобках).
Про КАЖДОЕ дерево в ваших отчетах должно быть понятно (т.е. указано в логичном месте в тексте, лучше всего - в подписи к рисунку):
- По каким последовательностям оно построено,
- Какая модель эволюции использовалась,
- Какой алгоритм реконструкции филогении был использован,
- Какая программа (в которой реализован этот алгоритм)была использована,
- Как дерево было укоренено,
- Сколько было реплик бутстрепа (если они были).
2. Укоренение во внешнюю группу
Подберите животное, которое может служить внешней группой, то есть не относящееся к самому нижнему таксону из тех, к которым принадлежат все ранее выбранные животные. Постройте (по цитохромам B или по 12S rRNA) совместное дерево и укорените в ветвь, ведущую к внешней группе. Сохраните изображение и вставьте его в отчёт. Прокомментируйте получившееся укоренение исходной группы животных: изменилась ли топология ваших организмов после укоренения? Верно ли укоренилось дерево?
3. Бутстреп
Повторите одну из ранее сделанных филогенетических реконструкций программой fastme, использовав 100 реплик бутстрепа. Сохраните изображение, на котором ветви подписаны числами поддержки, и включите его в отчёт. Прокомментируйте; прежде всего обратите внимание, верно ли, что неправильно реконструированные ветви имеют более низкую поддержку.
См. подсказки.