2025
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Занятие 7. Трансмембранные белки
Отчёт по занятию должен быть выложен на сайт, со ссылкой со страницы семестра. Записывайтесь в очередь на проверку.
Каждому студенту выдана структура, содержащая трансмембранный α-спиральный белок. Отчетное задание можно сделать либо по нему, либо по выбранному в рамках тренировочного задания со знакомством с базой данных OPM β-листовому белку.
0. Знакомство с OPM
Цель тренировочного задания: познакомиться с интерфейсом OPM и посмотреть, какие бывают β-листовые белки.
С помощью поиска по уровням классификации в базе данных OPM найдите любой белок, в трансмембранной части которого находятся β-листы. Поищите какой-нибудь интересный!
- Посмотрите, как вообще устроена система классификации белков в OPM, какие они бывают.
- Посмотрите, на какие базы данных ссылается OPM при описании белка.
1. Основное задание
Цель задания: сравнить результаты предсказаний трансмембранных участков по последовательности (с помощью DeepTMHMM) и по трехмерной структуре (база данных OPM) в α-спиральном или β-листовом белке.
Для выбранного белка (выданного Вам или найденного в OPM):
Напишите в отчете, какой белок вы выбрали (обязательно укажите название на русском языке, название на английском, идентификатор PDB и идентификатор UniProt, из какого организма белок, в какой мембране располагается; желательно также посмотреть в UniProt и кратко написать, что белок делает).
Выпишите на отчетную страницу координаты трансмембранных участков белка, приведенные в OPM.
Запустите DeepTMHMM для последовательности этого белка (в отчете укажите, откуда взяли последовательность). Выпишите на отчетную страницу предсказанные программой координаты трансмембранных участков (любым образом, чтобы их можно было адекватно увидеть!). Приведите графическое изображение результатов DeepTMHMM (обязательно с подписью, объясняющей что показано на рисунке) и ссылку на файл с результатами в текстовом виде (можете выбрать любой из текстовых форматов, который Вы понимаете как читать).
На качественном уровне опишите, насколько совпадают результаты, полученные двумя методами. Некоторые примеры вопросов, на которые можно при этом отвечать: есть ли трансмембранные участки, полностью "не замеченные" одной из предсказывающих программ? для скольких трансмембранных участков предсказания перекрываются, насколько точно они при этом совпадают (если результаты отличаются, предложите варианты объяснения причин этого).
За дополнительные баллы: проведите сравнение с помощью трехмерной структуры белка: скачайте из OPM структуру белка с указанием границ гидрофобного слоя мембраны и покажите на ней предсказанные DeepTMHMM и данные в OPM участки. Приведите изображение на странице с подписью и обязательным указанием, как показана какая сторона мембраны. Если на рисунке показано несколько белков (или несколько субъединиц одного белка), обязательно поясните это в подписи.
Задание 2 (необязательное). База данных TCDB
Поищите в БД TCDB выданный вам белок и белок, который вы выбрали в задании №1 (искать нужно по идентификатору UniProt, причем AC, а не ID: например, P0A910, а не OMPA_ECOLI). В OPM есть прямые ссылки на TCDB.
- Если белки не обнаружены, опишите, как вы искали, и результат; тогда можете взять произвольный белок из этой базы данных. Посмотрите, что означают цифры TC-кода рассматриваемых белков. Переведите сведения на русский язык и представьте на отчётной странице в свободной форме.