2025
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Задание 9
Поиск предков кристаллинов и антифризов
Белки кристаллины и антифризы выполняют, главным образом, структурные функции. Первые обеспечивают прозрачность хрусталика, вторые не дают расти кристаллам льда. Похоже, что разные группы организмов независимо решали эти инженерные задачи, и “изобретали” соответствующие белки разными способами.
В этой таблице собраны литературные данные о происхождении некоторых кристаллинов и антифризов. Вам нужно взять каждому свой белок и попытаться найти его дальних родственников, функции которых совпадают с функцией предсказанного предка.
Выберите незанятую строку одной из таблиц и впишите в первый столбец свою фамилию. Если все белки уже заняты, напишите преподавателям.
Найдите последовательность какого-нибудь белка с требуемой аннотацией из требуемой таксономической группы.
Запустите поиск родственных последовательностей в банке Swiss-Prot при помощи PSI-BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ → Protein BLAST → в списке банков находите Swiss-Prot, а в разделе Program Selection отмечаете PSI-BLAST).
Повторяйте итерации до тех пор, пока будут находиться новые последовательности (отмечены желтым в списке находок). Если вы уже запустили пять-шесть итераций и с каждой итерацией новых последовательностей прибавляется все больше и больше, остановитесь.
Просмотрите находки. Есть ли среди них что-то похоже на предсказанный предковый белок? Вставьте в отчёт выравнивания этих находок с запросом (до трёх, если их много) и их названия в Swiss-Prot.
В отчёте укажите всё, заслуживающее внимания (какой белок взят, сколько было сделано итераций, сколько находок было на каждой итерации и пр.)