Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2025

Указания по составлению и оформлению мини-обзора

[ Про то, как писать мини-обзор ] [ Про биоинформатику как науку ]

Структура научного текста, в том числе, мини-обзора про геном и протеом бактерии или археи

Структура относится к большинству научных текстов. То, что ниже, ориентировано прежде всего на биоинформатическую работу и мини-обзор.

Научный текст состоит из обязательных секций:

Дополнительные часто используемые секции:

Название отражает содержание текста.

Имена и фамилии авторов обычно сопровождаются информацией об аффилиациях, то есть о том, где авторы работают или учатся.

Аннотация — предельно короткое описание предмета изучения и того, что изучалось. Читатель, прочитав резюме, должен понять, интересен ли ему текст.

Введение содержит информацию об объекте изучения со ссылками на литературные источники. В конце введения формулируются интересные вопросы и что исследуется в работе.

Материалы и методы — краткое указание источников данных, использованных в работе, достаточное для того, чтобы читатель мог эти данные найти сам, плюс описание методов, достаточное для воспроизведения результатов.

Для каждого результата из секции "Результаты" должно быть указано, каким методом он получен. Например: из интернет источников (указать их); методом электронных таблиц, указать каким; внешним сервисом или программой, созданной не автором, указать сервис/программу; собственной программой, сослаться на строку в "Сопроводительных материалах", в которой есть ссылка на код.

Материалы и методы служат для справки при чтении основного текста. Текст этой секции должен быть написан коротко и точно, в стиле: "Для ..... мы использовали ...."

Результаты разбиваются на разделы. Каждый раздел должен быть выделен в тексте, иметь понятное название и содержать один или несколько связанных между собой результатов.

Методы получения результатов в "Результатах" не описываются, им место в секции "Материалы и методы".

Результаты обычно подтверждаются сводными данными в таблицах и/или иллюстрируются на рисунках. Для этого в основном тексте ставится ссылка на таблицу или рисунок по номеру. Все таблицы и рисунки включаются в основной текст, лучше сразу после упоминания, если место позволяет. Большие таблицы, рисунки и др. материалы лучше поместить в секцию "Сопроводительные материалы". Туда же следует помещать описания и коды собственных программ.

Заслуживающая внимания (новая) собственная программа также может быть отдельным результатом в секции "Результаты".

Таблицы оформляются так. Над таблицей пишут номер таблицы и её название. При необходимости за названием помещают пояснения. Внешний читатель должен понимать всё, что представлено в таблице. В первой строке таблицы — названия колонок. Как-то так: "Таблица 3. Число генов РНК, по категориям, закодированных в геноме".

Рисунки оформляются так. Под рисунком пишут номер рисунка и его название. При необходимости помещают пояснения. Внешний читатель должен понимать всё, что представлено на рисунке. Если график, то должно быть понятно, что по осям. Как-то так: "Рис. 3. Гистограмма длин белков, закодированных в геноме. Длина измеряется числом аминокислотных остатков".

Если работа написана на русском языке, то все надписи на рисунках, заголовки столбцов таблиц и т.п. тоже должны быть по-русски (за очевидными исключениями, такими как, например, латинские названия организмов).

Не должно быть рисунков или таблиц, на которые не ссылается основной текст!

Секция Сопроводительные материалы содержит список ссылок на материалы, важные для понимания самих результатов или процедуры их получения, но не включённые в основной текст. Например, в списке сопроводительных материалов можно сослаться на таблицу с генами РНК, полученную из хромосомной таблицы, отсортированную сначала по категориям генов, а потом по длинам генов. Можно включить в сопроводительные материалы коды и описания программ.

Список сопроводительных материалов оформляется так. Каждый материал имеет номер (например S1, S2 и т.д.); название (например, "Таблица генов РНК"); короткое описание материала, если только названия недостаточно (например, "Программа получает на вход ... и выдаёт ..."); интернет-ссылку на материал либо адрес на kodomo, по которому можно найти и посмотреть материал.

Ссылаться в основном тексте обзора так: "см. таблицу S1 сопроводительных материалов".

Литература содержит пронумерованный список литературных источников, оформленных стандартным образом. Для статей: авторы, название, журнал, том, страницы (или № выпуска), год; при наличии — веб-адрес доступа. Для веб-адресов (URL): сначала название страницы или краткое описание её содержания, потом сам URL. Список литературы должен находиться в самом конце вашего обзора.

Обязательное требование: на каждую таблицу, рисунок, сопроводительный материал, литературный источник должна быть ссылка в основном тексте.

Обсуждение может быть вынесено в отдельную секцию обзора, сразу после "Результатов", или же может присутствовать в объединённой секции "Результаты и обсуждение", после каждого результата, заслуживающего, по мнению автора, обсуждения.

Если "Заключение" присутствует как отдельная секция, оно должно находиться до благодарностей, списка сопроводительных материалов и списка литературы. Можно не делать отдельной секции, в этом случае лучше кратко резюмировать все результаты в конце секции с результатами.

Благодарности можно по желанию выразить всем, кто вам помогал, например: "Автор выражает благодарность своей сестре Ане за то, что она не шумела во время написания обзора". Если вам серьёзно помог (например, с методами) кто-то из сокурсников, то выразить ему персональную благодарность будет очень желательно (оценку за это не снизим!).

Язык мини-обзора может быть русский либо английский (другие языки, к сожалению, понимают не все проверяющие). По-английски можно писать только если вы уверены в своём уровне владения языком, иначе получите очень низкие баллы за оформление и понятность текста.

Как представить окончательную версию мини-обзора для проверки

Варианты

  1. В своей домашней директории на kodomo создайте поддиректорию mini_review в term1: term1/mini_review, положите в неё файл мини-обзора в формате .pdf. Укажите путь к этому файлу на своей странице wiki.

  2. На свой Google-диск поместите файл (Upload → File) с мини-обзором в формате .pdf. Не забудьте сделать этот файл открытым на чтение для проверяющих (или для всех). Поставьте ссылку на него на своей странице wiki.

Как представить сопроводительные материалы для проверки

Один сопроводительный материал — это один файл и, в случае многостраничных файлов (Google Sheets например) — название страницы в нем. Два варианта:

  1. В своей домашней директории на kodomo создайте поддиректорию: term1/mini_review/supplement. Положите в неё файлы с сопроводительными материалами. Укажите в мини-обзоре в разделе "Сопроводительные материалы" путь к этой директории. Для каждого сопроводительного материала идентификатором является имя файла и страница в нем (если надо).
  2. На своём Google-диске сохраните файлы с сопроводительными материалами. Для каждого сопроводительного материала в основном тексте укажите его название, страницу в файле (если нужно) и поставьте ссылку на нужную страницу.

2025/1/mini_review (последним исправлял пользователь sas 2025-11-27 13:47:17)