2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Семестр 1. Объекты и инструменты, первое знакомство
При проблемах доступа к ведомости пишите на valmarfgecnf@gmail.com. Пожалуйста, указывайте своё имя в письме.
Заполните эту форму при выполнении всех обязательных заданий практикума. Дата заполнения формы автоматически фиксируется как дата выполнения заданий
1. Знакомство.
6 сентября 2024
[ презентация (А.Д.Ливенский) ] [ презентация (А.В.Алексеевский) ]
[ задание для выполнения во время занятия ] [ объяснения к заданию ] [ как выполнить задание ]
[ домашнее задание на 13 сентября ]
2. Геном бактерии как файл.
13 сентября 2024
А.В. Алексеевский, С.А. Спирин, И.С. Русинов, Д.В. Диброва, В.В. Панова
[ презентация (А.В.Алексеевский) ] [ презентация (С.А.Спирин) ]
[ задания ] [ подсказки ]
Блок 2: Командная строка Linux
3. Bash. SSH. Работа с файлами.
20 сентября 2024
И. Русинов, А.В. Алексеевский, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин, В. Панова
[ презентация (И.Ильницкий) ]
[ задания ] [ подсказки ]
4. SFTP, спец. символы bash, текстовые файлы.
27 сентября 2024
И. Русинов, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин, Ю. Алешина
[ презентация (И.Ильницкий) ]
[ задания ] [ подсказки ]
5. Потоки ввода/вывода, работа с текстом.
4 октября 2024
И. Русинов, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин
[ презентация (И.Ильницкий) ] [ видеозапись с 2021 года ]
[ задания ] [ подсказки ]
6. Права доступа, сценарии. Контрольная.
11 октября 2024
И. Русинов, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин
[ презентация (И.Ильницкий) ] [ видеозапись с 2021 года ]
[ задания ] [ список тем контрольной ]
Блок 3: Электронные таблицы
7. Импорт данных, базовые понятия и навыки
18 октября 2024
Первое задание в контрольном задании, выполняемом в классе 18 октября
Каждое задание следует выполнять на отдельном листе (sheet) этого документа (или в LibreOffice Calc и переносить на страницу Google Sheets)
Можно и советуем выполнить это задание заранее для экономии времени на занятии.
Е. Рюмина, С.А. Спирин, А.В Алексеевский, Р. Ириоглов
[ презентация (А.В.Алексеевский) ]
[ задание для выполнения во время занятия ] [ объяснения, как выполнить задание ]
[ домашнее задание на 25 октября ]
8. Другие методы ЭТ. Мини-обзор генома бактерий: темы
25 октября 2023
Е. Рюмина, С.А. Спирин, А.В Алексеевский, Р. Ириоглов
[ презентация (А.В.Алексеевский) ]
[ Задание для выполнения во время занятия ] [ объяснения как выполнить задание 1 ]
[ домашнее задание на 1 ноября ] [ выполнение каких заданий достаточно для зачёта пр8 и блока 3 ]
Блок 4: Программирование на Python
9. Базовый Python
1 ноября 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]
Дедлайн: 8 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8
10. f-строки. Условные конструкции и цикл for.
8 ноября 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]
Дедлайн: 15 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8.
11. Цикл while. Списки.
15 ноября 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]
Дедлайн: 22 ноября 9:00. Обязательных заданий: 10
12. Словари. Множества.
22 ноября 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Алексей Школиков
[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]
Дедлайн: 29 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8
13. Small talk о мини-обзоре. Модули. Файлы: чтение.
29 ноября 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Алексей Школиков
[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]
Дедлайн: 6 декабря 9:00. Обязательных заданий: 8.
14. Файлы: чтение, запись, парсинг. Простейшие графики
6 декабря 2024
Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин
[ Лекция в Colab ][ Домашнее задание в системе ejudge ] Дедлайн: 19 декабря 23:59. Обязательных заданий: 6.
[ Домашнее задание, часть 2. ] Присылайте результаты на почту pymsu@mail.ru. Дедлайн: 18 декабря 23:59.
Блок 5: Мини-обзор
Студент НЕ ВЫПОЛНЯЕТ В МИНИ-ОБЗОРЕ ЗАДАНИЯ, заданные “учителем” – время школы прошло для вас.
Поэтому апелляции в тексте типа "Нам так задали" или "в указаниях так написано" неуместны в мини-обзоре
Студент пишет обзор того что, успел узнать о выбранной бактерии, её геноме, генах и белках. Он отвечает за то, что написал текст самостоятельно и за то, что в источниках, на которые он ссылается, написано именно то, что взято в текст мини-обзора из источника
ААл
Мини-обзор должен быть готов в понедельник 9 декабря. Это значит, что к полуночи 9 декабря на вашей вики-странице должна появиться ссылка на pdf с обзором, и вы запишетесь в очередь на проверку (пункт mini_review). Начиная с раннего утра 10 декабря преподаватели будут читать ваши обзоры. 13 декабря каждый студент, сдавший обзор вовремя, должен будет "защитить" свою работу, а именно, побеседовать с прочитавшим его обзор преподавателем, ответить на вопросы, выслушать замечания.
[ Содержание мини-обзора ]
[ Структура мини-обзора ]
[ Презентация ААл про мини-обзор ]
[ Немного о правилах оформления печатного текста (САС) ]
[ Шаблоны оформления статей ]
Другие шаблоны можно найти на сайтах журналов, например:"BMC Bioinformatics", "Journal of Computational Biology", "PLoS Computational Biology", "Briefings in Bioinformatics", ... Рекомендуется ориентироваться на какой-нибудь из образцов: порядок и форматирование разделов, оформление таблиц, рисунков, списка литературы и ссылок на литературу.