3. Bash. SSH. Работа с файлами.

20 сентября 2024

И. Русинов, А.В. Алексеевский, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин, В. Панова

[ презентация (И.Ильницкий) ]

[ задания ] [ подсказки ]

4. SFTP, спец. символы bash, текстовые файлы.

27 сентября 2024

И. Русинов, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин, Ю. Алешина

[ презентация (И.Ильницкий) ]

[ задания ] [ подсказки ]

5. Потоки ввода/вывода, работа с текстом.

4 октября 2024

И. Русинов, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин

[ презентация (И.Ильницкий) ] [ видеозапись с 2021 года ]

[ задания ] [ подсказки ]

6. Права доступа, сценарии. Контрольная.

11 октября 2024

И. Русинов, Р. Ириоглов, И. Ильницкий, С.А. Спирин

[ презентация (И.Ильницкий) ] [ видеозапись с 2021 года ]

[ задания ] [ список тем контрольной ]

7. Импорт данных, базовые понятия и навыки

18 октября 2024

Первое задание в контрольном задании, выполняемом в классе 18 октября

1. Создайте документ Google Sheets для выполнения заданий блока "электронные таблицы".
2. Назовите его вашим пользовательским именем_ET. Например, aba_ET было бы у меня потому, что вхожу на kodomo с пользовательским именем aba (ААл)
3. На своей wiki странице напишите заголовок Блок 3 Электронные таблицы (ЭТ) и под ним - ссылку на созданный вами документ Google Sheets.

4. Каждое задание следует выполнять на отдельном листе (sheet) этого документа (или в LibreOffice Calc и переносить на страницу Google Sheets)

Можно и советуем выполнить это задание заранее для экономии времени на занятии.

Е. Рюмина, С.А. Спирин, А.В Алексеевский, Р. Ириоглов

[ презентация (А.В.Алексеевский) ]

[ задание для выполнения во время занятия ] [ объяснения, как выполнить задание ]

[ домашнее задание на 25 октября ]

8. Другие методы ЭТ. Мини-обзор генома бактерий: темы

25 октября 2023

Е. Рюмина, С.А. Спирин, А.В Алексеевский, Р. Ириоглов

[ презентация (А.В.Алексеевский) ]

[ Задание для выполнения во время занятия ] [ объяснения как выполнить задание 1 ]

[ домашнее задание на 1 ноября ] [ выполнение каких заданий достаточно для зачёта пр8 и блока 3 ]

9. Базовый Python

1 ноября 2024

Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]

Дедлайн: 8 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8

10. f-строки. Условные конструкции и цикл for.

8 ноября 2024

Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]

Дедлайн: 15 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8.

11. Цикл while. Списки.

15 ноября 2024

Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]

Дедлайн: 22 ноября 9:00. Обязательных заданий: 10

12. Словари. Множества.

22 ноября 2024

Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Алексей Школиков

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]

Дедлайн: 29 ноября 9:00. Обязательных заданий: 8

13. Small talk о мини-обзоре. Модули. Файлы: чтение.

29 ноября 2024

Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Алексей Школиков

[ Лекция в Colab ] [ Домашнее задание в системе ejudge ]

Дедлайн: 6 декабря 9:00. Обязательных заданий: 8.

14. Файлы: чтение, запись, парсинг. Простейшие графики

6 декабря 2024

Дмитрий Босов, Даниил Хлебников, Владимир Ноздрин, Дмитрий Звездин

[ Лекция в Colab ][ Домашнее задание в системе ejudge ] Дедлайн: 19 декабря 23:59. Обязательных заданий: 6.

[ Домашнее задание, часть 2. ] Присылайте результаты на почту pymsu@mail.ru. Дедлайн: 18 декабря 23:59.

Студент НЕ ВЫПОЛНЯЕТ В МИНИ-ОБЗОРЕ ЗАДАНИЯ, заданные “учителем” – время школы прошло для вас.

Студент пишет обзор того что, успел узнать о выбранной бактерии, её геноме, генах и белках. Он отвечает за то, что написал текст самостоятельно и за то, что в источниках, на которые он ссылается, написано именно то, что взято в текст мини-обзора из источника

ААл

Мини-обзор должен быть готов в понедельник 9 декабря. Это значит, что к полуночи 9 декабря на вашей вики-странице должна появиться ссылка на pdf с обзором, и вы запишетесь в очередь на проверку (пункт mini_review). Начиная с раннего утра 10 декабря преподаватели будут читать ваши обзоры. 13 декабря каждый студент, сдавший обзор вовремя, должен будет "защитить" свою работу, а именно, побеседовать с прочитавшим его обзор преподавателем, ответить на вопросы, выслушать замечания.

[ Содержание мини-обзора ]

[ Структура мини-обзора ]

[ Презентация ААл про мини-обзор ]

[ Немного о правилах оформления печатного текста (САС) ]

[ Шаблоны оформления статей ]
Другие шаблоны можно найти на сайтах журналов, например:"BMC Bioinformatics", "Journal of Computational Biology", "PLoS Computational Biology", "Briefings in Bioinformatics", ... Рекомендуется ориентироваться на какой-нибудь из образцов: порядок и форматирование разделов, оформление таблиц, рисунков, списка литературы и ссылок на литературу.