2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Процедура сдачи практикума
После выполнения всех обязательных заданий вам потребуется записаться в очередь на проверку с помощью формы, ссылка на которую [будет] доступна в начале страницы семестра. Никакие письма с отчетом посылать преподавателям не требуется.
Преподаватели проверяют записи из очереди и выставляют оценки в ведомость "Результаты".
Каждому практикуму в ведомости соответствует группа колонок, первые две из которых называются "Зачет" и "Рейтинг". Слово "да" в колонке "Зачет" означает, что практикум зачтен. Если практикум проверен, а зачет не стоит, значит у преподавателя появились замечания, которые требуют исправлений. Эти замечания приведены в примечаниях в ячейках, которые соответствуют конкретным пунктам задания.
После исправления замечаний студенту опять требуется записаться в очередь на проверку. Процедура повторяется вплоть до получения зачета за практикум. Как правило, за каждый раунд исправлений вычитается некоторый штрафной балл, поэтому старайтесь сразу выполнять задания качественно.
Время первой записи в очередь на проверку считается временем сдачи практикума. Как правило, для каждого практикума установлены два дедлайна. Пропуск мягкого дедлайна лишит вас 0.5 балла. Мягкий дедлайн для практикума 2 – 01:00 AM 19 сентября (т.е. час ночи с четверга 18-го на пятницу 19-е).
Пропуск жесткого дедлайна не только штрафуется двумя баллами (из 5 максимально возможных), но означает, что работу могут проверить уже только в конце семестра перед общим зачетом. Жесткий дедлайн для практикума 2 – 01:00 АМ 26 сентября.
Аналогичным образом вы будете сдавать большую часть практикумов в курсах (био)информатики на 1 и 2 курсах.
Не забывайте записываться в очередь на проверку! Состояние очереди можно [будет] проверить в ведомости "Результаты" на листе "queue".
Задания для выполнения в классе
0. Активируйте свою учетную запись
Обязательно нужно успеть сделать в классе, иначе не сможете выполнять любые последующие задания. Если отсутствовали на занятии, то свяжитесь с администраторами по адресу admin@fbb.msu.ru.
"Активация" заключается в выставлении постоянного пароля. Как сменить временный пароль на постоянный, сообщается в подсказках.
1. Создайте файлы с информацией о геноме выбранной бактерии/археи
Задание нужно успеть выполнить в классе. Из дома вы сможете его выполнить только после того, как научитесь подключаться к серверу kodomo по протоколу SSH (см. задание 3).
Требуется с помощью командной строки Linux скачать с сервера NCBI три файла с информацией о геноме выбранной бактерии или археи:
- полную последовательность генома в формате fasta;
- последовательности всех белок-кодирующих участков в формате fasta;
- таблицу локальных особенностей генома.
Файлы на сервере NCBI хранятся в сжатом виде, поэтому необходимо не только скачать файлы в правильную папку, но и распаковать их. Для зачета задания скаченные и распакованные файлы должны располагаться в папке term1/genome внутри вашей домашней папки под Линукс в классе. В папке не должно быть никаких других файлов, кроме требуемых.
Этапы выполнения задания.
- Запустите интерпретатор командной строки Линукс.
Создайте папку term1 и подпапку genome внутри нее.
- По очереди скачайте и распакуйте каждый из трех требуемых файлов.
Более подробное описание действий содержится в подсказках.
Задания для выполнения дома
2. Создайте персональную страницу на kodomo/wiki
Описание этого процесса доступно в подсказках, внизу страницы.
В итоге у вас должна получиться страница с адресом https://kodomo.fbb.msu.ru/wiki/Users/login (здесь login – ваше пользовательское имя).
Сделайте заголовок (см. в подсказках), а после него — несколько (две или более) фраз обычного текста. Обязательно укажите (в заголовке или в тексте), кто вы такой(-ая): имя и фамилию. Желательно написать немного о себе: где учились, чем интересуетесь и т.д. Если (что тоже желательно) указываете e-mail, то он должен быть настоящим (не оставляйте тот образец, что вставлен по умолчанию — его надо либо убрать, либо заменить вашим настоящим адресом!)
Ваша страница доступна для чтения всем. Имейте это в виду и не забывайте про соблюдение правил домена msu.ru.
Не забывайте записываться в очередь (см. вверху этой страницы). Пока вы не запишетесь в очередь, задание не будет проверяться (и будут копиться штрафы за опоздание). И наоборот: запись в очередь означает, что задание сделано и результат можно проверять как окончательный.
3. Научитесь подключаться к серверу kodomo по протоколу SSH
Настоятельно рекомендую прочитать краткое пояснение терминов здесь, иначе очень сложно будет что-либо понимать.
На сервере kodomo, как и на большинстве серверов под управлением Linux, можно запускать программы только из командной строки, подключившись по протоколу SSH. Вам нужно подключиться к kodomo и создать в своей домашней папке на сервере файл с именем first_connection.txt, содержащий дату и время своего (файла) создания.
Задание включает три этапа:
- поиск (и его установка, если отсутствует) SSH-клиента на своем компьютере;
- подключение с его помощью к серверу kodomo по протоколу SSH;
- ввод команд для создания требуемого файла и аккуратного завершения консольной сессии.
Последний этап описан в подсказках. Первые два уже не должны вызывать затруднений, если вы не пропустили "краткое" пояснение выше.