Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2025

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Обязательные задания

Мягкий дедлайн – 01:00 AM 26 сентября, жесткий дедлайн – 01:00 AM 3 октября. При записи на проверку номер практикума – 3. В поле URL нужно поставить прочерк. Проверять будем наличие правильных файлов в папке ~/term1/credits.

1. Перемещение между папками – успеть за 90 секунд

Для начала испытания нужно подключиться к kodomo по SSH. За 90 секунд вам надо успеть поочередно сделать активными десять перечисленных ниже папок. В каждой из папок требуется выполнить команду check_wd для подтверждения. Если активная папка при выполнении этой команды неверная, то таймер сбрасывается, и все папки нужно посетить заново. В случае успешного прохождения испытания появится зеленая мигающая надпись SUCCESS.

Папки:

1. домашняя директория

2. term1 в домашней директории

3. term1/credits

4. корневая директория

5. /P/y25/term1/use-TAB-to_autoсomp1ete-1oong-names

6. /usr/bin

7. снова term1 в домашней директории

8. опять /P/y25/term1/use-TAB-to_autoсomp1ete-1oong-names

9. и снова ~/term1

10. родительская папка для текущей папки из предыдущего пункта

Прохождение испытания требуется для зачета практикума, но не приносит баллов. Исключением является первый студент, которому на момент мягкого дедлайна потребовалось для прохождения испытания (не обязательно первого успешного) не более секунд, чем любому из однокурсников. Этот студент получает +1 бонусный балл к практикуму №3.

2. Операции с файлами

В папке /P/y25/term1/use-TAB-to_autoсomp1ete-1oong-names на kodomo лежат файлы, короткие имена которых состоят из одной строчной латинской буквы. Вам необходимо:

• создать папку ~/term1/pr3, если её еще нет;

• составить список из пяти разных латинских букв, встречающихся раньше остальных в вашем логине на kodomo (если в нем всего менее пяти букв, остальные возьмите из начала алфавита);

• скопировать по очереди (порядок копирования не важен) пять файлов из упомянутой ранее папки со страшным названием в папку ~/term1/pr3;

• для каждого файла определить, какой у него формат (с помощью программ file и less) и размер в байтах (с помощью du -b или ls -l);

• переименовать файлы так, чтобы они имели короткие имена file_NUMBER.EXTENSION, где NUMBER – это номер файла по размеру, самый маленький должен иметь номер 1, самый большой – номер 5; a EXTENSION – это расширение, соответствующее формату файла, одно из приведенного ниже списка. Примеры имен: file_1.py, file_2.fasta, file_3.csv, file_4.jpeg, file_5.pdb.

• создать папку ~/term1/credits и переместить в нее готовые файлы из pr3. Проверяться будет наличие правильных файлов с правильными именами именно в этой папке. В ней не должно быть никаких посторонних файлов или папок! Файлы или папки, которые требуются для выполнения других заданий в этом семестре, посторонними не считаются.

Возможные расширения и соответствующие им форматы файлов (гарантируется, что каждый файл имеет один из перечисленных форматов):

fasta

файл с последовательностями (нуклеотидными или белковыми) в формате FastA (см. вводную лекцию);

png

изображение в формате PNG;

jpeg

изображение в формате JPEG;

py

скрипт на языке Python;

pl

скрипт на языке Perl;

sh

скрипт командной оболочки (shell);

html

HTML-страница;

pdb

текстовый файл с координатами атомов биологической молекулы в формате Protein Data Bank;

gz

файл, сжатый с помощью программы gzip;

xml

текстовый файл с данными в формате XML;

stk

выравнивание последовательностей в формате Stockholm;

hmm

HMM-профиль в формате пакета HMMER;

csv

текстовая таблица в формате CSV (comma-separated values) – ячейки текста разделяются запятыми, строчки – символом переноса строки.

Программа file плохо умеет определять форматы текстовых файлов. Часто про них она выдает сообщение ASCII text (т.е. текст в кодировке ASCII). В этом случае вам придется догадываться о формате файлов самостоятельно, просматривая их с помощью less. Обращайте внимания на разные аббревиатуры в названиях форматов, они часто встречаются внутри соответствующих файлов.

3. Изменение прав доступа

Проделайте следующие операции:

1. Создайте подпапку strange_modes внутри папки ~/term1/credits.

2. Определите, для каких файлов из папки /P/y25/term1/files_with_strange_permissions/логин (вместо логин ваш логин) у их владельца есть право на запись.

3. Скопируйте в папку ~/term1/credits/strange_modes только файлы, удовлетворяющие условию из предыдущего пункта.

4. Поменяйте права доступа для каждого скопированного файла следующим образом:
   • у владельца должно быть только право на чтение;
   • у группы-владельца не должно быть никаких прав вообще;
   • у всех остальных пользователей должны быть ровно такие права, как были у группы-владельца сразу после копирования файла.

5. Поменяйте права доступа для папки ~/term1/credits/strange_modes на r-x---r-x.

Какие бывают права доступа, как их узнать и изменить, можно посмотреть в презентации И. Ильницкого, если этого не было на занятии.