2025
2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
Указания к работе в классе 16 октября 2026
Как создать таблицу CDS
Соединитесь с kodomo по ssh, зайдите в директорию ~/term1/genome
- Выполните команду, генерирующую таблицу свойств последовательностей, хранящихся в файле с CDS:
infoseq *_cds_from_genomic.fna -nocolumns -out cds.csv
Убедитесь, что файл cds.csv образовался и не пустой! Нелишне будет заглянуть внутрь (less, head, tail).
Зайдите в браузере в Google drive (нужны будут реквизиты вашего аккаунта в Google). На странице найдите кнопку "Создать" и в открывающемся меню "Google таблицы".
В окне с таблицей: Файл → Импортировать → Добавить → находите файл cds.csv (напоминаем, что ваша домашняя директория на компьютере класса отображает вашу домашнюю директорию на kodomo) → Вставка. Теперь не торопитесь! Перед вами должно появиться окошко "Импорт файла", внимательно рассмотрите его.
Выберите "Тип разделителя" — "Другой" и в окошко "Разделитель" внесите вертикальную черту (|)
Уберите галочку против слов "Преобразовывать текст в числа, даты и формулы"!
Дело в том, что практически во всех файлах,с которыми вы будете иметь дело, разделителем целой и дробной части числа служит точка, а не запятая, а Google drive при российских региональных настройках может воспринять записанное таким образом дробное число как дату (например, 14.03 не как четырнадцать целых три сотых, а как 14 марта). Поэтому импортируем всё как текст, а потом уже в таблице будем разбираться, как превратить текст в числа.- Нажмите "Импорт", должна появиться таблица
Открытие доступа к таблице CDS
Дайте таблице имя "СDS from genome of ...", например "CDS from genome of Bacillus subtilis" (в левом верхнем углу окна, вместо "Новая таблица")
Если забыли название своей бактерии, то можно посмотреть его, например, в таблице или в первой строке файла с полным геномом (того, что fna, но без cds)Дайте возможность преподавателям видеть и комментировать вашу таблицу. Для этого в правом верхнем углу нажмите "Настройки доступа", в верхнее окошко внесите Gmail-адреса преподавателей, справа выберите "Комментатор". Уберите галочку "Уведомить пользователей", после этого нажмите "Открыть доступ".
Первые действия с таблицей CDS
- Удалите неинформативные столбцы: первый столбец (USA) и все столбцы, в которых во всех ячейках пусто или одно и то же
- Переведите текст в числа:
- Выделите столбец с целыми числами (длинами, спросите, как это сделать), затем в меню "Формат" выберите "Числа" → "Другие форматы чисел" → 0
- Если у вас в региональных настройках написано "Россия": выделите столбец с дробными числами (процентами GC). Нажмите на клавиатуре сочетание Ctrl+H, попросите найти все точки и заменить на запятые, нажмите "Заменить все". После этого в меню "Формат" → "Числа" → "Число". Если в настройках стоит "США" (или Великобритания, или Австралия), заменять на запятые не надо! А вот перевести в числа все равно надо.