2025
2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
Практикум 2
Обязательно изучите порядок сдачи заданий!
Дедлайн для этого практикума — 1:00 18 сентября (т.е., ночь с 17-го на 18-е). Но "нулевое" задание обязательно, а первое — крайне желательно сделать на самом занятии.
Задания для выполнения в классе
0. Активируйте свою учетную запись
Обязательно нужно успеть сделать в классе, иначе не сможете выполнять любые последующие задания. Если отсутствовали на занятии, то свяжитесь с администраторами по адресу admin@fbb.msu.ru.
"Активация" заключается в выставлении постоянного пароля. Как сменить временный пароль на постоянный, сообщается в подсказках.
1. Создайте файлы с информацией о геноме выбранной бактерии/археи
Задание лучше успеть выполнить в классе. Из дома вы сможете его выполнить только после того, как научитесь подключаться к серверу kodomo по протоколу SSH (см. задание 2).
Требуется с помощью командной строки Linux скачать с сервера NCBI три файла с информацией о геноме выбранной бактерии или археи:
- полную последовательность генома в формате fasta;
- последовательности всех белок-кодирующих участков в формате fasta;
- таблицу локальных особенностей генома.
Файлы на сервере NCBI хранятся в сжатом виде, поэтому необходимо не только скачать файлы в правильную папку, но и распаковать их. Для зачета задания скаченные и распакованные файлы должны располагаться в папке term1/genome внутри вашей домашней папки под Линукс в классе. В папке не должно быть никаких других файлов, кроме требуемых.
Этапы выполнения задания.
- Запустите интерпретатор командной строки Линукс.
Создайте папку term1 и подпапку genome внутри нее.
- По очереди скачайте и распакуйте каждый из трех требуемых файлов.
Более подробное описание действий содержится в подсказках.
Задания для выполнения дома
2. Научитесь подключаться к серверу kodomo по протоколу SSH
Настоятельно рекомендую прочитать краткое пояснение терминов здесь, иначе очень сложно будет что-либо понимать.
На сервере kodomo, как и на большинстве серверов под управлением Linux, можно запускать программы только из командной строки, подключившись по протоколу SSH. Вам нужно подключиться к kodomo и создать в своей домашней папке на сервере файл с именем first_connection.txt, содержащий дату и время своего (файла) создания.
Задание включает три этапа:
- поиск (и его установка, если отсутствует) SSH-клиента на своем компьютере;
- подключение с его помощью к серверу kodomo по протоколу SSH;
- ввод команд для создания требуемого файла и аккуратного завершения консольной сессии.
Последний этап описан в подсказках. Первые два уже не должны вызывать затруднений, если вы не пропустили "краткое" пояснение выше.
Не забывайте записываться в очередь (см. порядок сдачи заданий). Пока вы не запишетесь в очередь, задание не будет проверяться (и после дедлайна будет считаться не выполненным вовремя). И наоборот: запись в очередь означает, что задание сделано и результат можно проверять как окончательный.
При записи на проверку заданий этого практикума поле URL формы оставляйте пустым и ли вставляйте прочерк. Номер практикума: 2.