Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2026

Семестры Студенты Преподаватели

• 2025
• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018

• ...

Обязательные задания

Дедлайн – 01:00 AM 25 сентября. При записи на проверку номер практикума – 3. В поле URL нужно поставить прочерк.

Задания 1 и 2 проверяются автоматически при выполнении. В задании 3 будем проверять только наличие правильно названных файлов в папке term1/credits (путь указан относительно вашей домашней папки).

1. Освоение терминала (история команд, автодополнение и копирование/вставка)

Для начала испытания нужно подключиться к kodomo по SSH и выполнить команду check_term без аргументов. Прервать тестирование нельзя. Если не знаете, как выполнить задание, наберите команду giveup. Текущий пункт будет провален и начнется следующий. Всего в тесте 4 пункта, для зачета задания нужно успешно пройти все пункты подряд. Если какой-то из этапов не был зачтен, нужно пройти испытание еще раз полностью, вновь выполнив check_term.

Оценивается только факт прохождения испытания, но не количество попыток или затраченное время.

2. Перемещение между папками – успеть за 90 секунд

Для начала испытания нужно подключиться к kodomo по SSH. За 90 секунд вам надо успеть поочередно сделать активными десять перечисленных ниже папок. В каждой из папок требуется выполнить команду check_wd для подтверждения. Если активная папка при выполнении этой команды неверная, то таймер сбрасывается, и все папки нужно посетить заново. В случае успешного прохождения испытания появится зеленая мигающая надпись SUCCESS.

Папки:

1. домашняя директория

2. term1 в домашней директории

3. term1/genome

4. корневая директория

5. /P/y26/term1/use-TAB-to_autoсomp1ete-1oong-names

6. /usr/bin

7. /usr/local/bin

8. опять /P/y26/term1/use-TAB-to_autoсomp1ete-1oong-names

9. родительская папка для текущей папки из предыдущего пункта
10. снова домашняя директория

Оценивается только факт прохождения испытания, но не количество попыток или затраченное время.

3. Операции с файлами

В папке /P/y26/term1/use-TAB-to_autoсomp1ete-1oong-names на kodomo лежат файлы, короткие имена которых состоят из одной строчной латинской буквы. Вам необходимо:

• внутри папки term1 (которая уже должна быть в вашей домашней папке) создать подпапку pr3, если её еще нет;

• составить список из пяти разных латинских букв, встречающихся раньше остальных в вашем логине на kodomo (если в нем всего менее пяти букв, остальные возьмите из начала алфавита);

• скопировать по очереди (порядок копирования не важен) пять файлов из упомянутой ранее папки со страшным названием в папку term1/pr3;

• для каждого файла определить, какой у него формат (с помощью программ file и less) и размер в байтах (с помощью wc);

• переименовать файлы так, чтобы они имели короткие имена file_NUMBER.EXTENSION, где NUMBER – это номер файла по размеру, самый маленький должен иметь номер 1, самый большой – номер 5; a EXTENSION – это расширение, соответствующее формату файла, одно из приведенного ниже списка. Примеры имен: file_1.py, file_2.fasta, file_3.csv, file_4.jpeg, file_5.pdb.

• создать папку term1/credits и переместить в нее готовые файлы из term1/pr3. Проверяться будет наличие правильных файлов с правильными именами именно в этой папке. В ней не должно быть никаких посторонних файлов или папок! Файлы или папки, которые требуются для выполнения других заданий в этом семестре, посторонними не считаются (если выполняете после дедлайна).

Возможные расширения и соответствующие им форматы файлов (гарантируется, что каждый файл имеет один из перечисленных форматов):

fasta

файл с последовательностями (нуклеотидными или белковыми) в формате FastA (см. вводную лекцию);

png

изображение в формате PNG;

jpeg

изображение в формате JPEG;

py

скрипт на языке Python;

pl

скрипт на языке Perl;

sh

скрипт командной оболочки (shell);

html

HTML-страница;

pdb

текстовый файл с координатами атомов биологической молекулы в формате Protein Data Bank;

gz

файл, сжатый с помощью программы gzip;

xml

текстовый файл с данными в формате XML;

stk

выравнивание последовательностей в формате Stockholm;

hmm

HMM-профиль в формате пакета HMMER;

csv

текстовая таблица в формате CSV (comma-separated values) – ячейки текста разделяются запятыми, строчки – символом переноса строки.

Программа file плохо умеет определять форматы текстовых файлов. Часто про них она выдает только сообщение ASCII text (т.е. текст в кодировке ASCII). В этом случае вам придется догадываться о формате файлов самостоятельно, просматривая их с помощью less. Обращайте внимания на разные аббревиатуры в названиях форматов, они часто встречаются внутри соответствующих файлов.