2025
2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
Обязательные задания
Дедлайн – 01:00 AM 2 октября. При записи на проверку номер практикума – 4. В поле URL нужно поставить прочерк.
Задание 1 проверяется автоматически при выполнении. В заданиях 2–4 будем проверять только наличие правильно названных файлов в папке ~/term1/credits.
Доделайте упражнения, которые не успели в классе, прежде чем приступать к выполнению домашних заданий.
1. Экранирование спец. символов и использование файловых масок
Для начала испытания нужно подключиться к kodomo по SSH и выполнить команду check_symbols без аргументов. Прервать тестирование нельзя. Если не знаете, как выполнить задание, наберите команду giveup. Текущий пункт будет провален и начнется следующий. Всего в тесте 8 пунктов, для зачета задания нужно успешно пройти все пункты подряд. Если какой-то из этапов не был зачтен, нужно пройти испытание еще раз полностью, вновь выполнив check_symbols.
Проверка в тесте не засчитывает экранирование специальных символов с помощью двойных кавычек. Не используйте двойные кавычки в bash для экранирования, пока не узнаете, что конкретно они делают.
Оценивается только факт прохождения испытания, но не количество попыток или затраченное время.
2. Копирование файлов на удаленный компьютер
Вам нужно загрузить в папку ~/term1/credits свою фотографию в формате JPEG с домашнего компьютера. Назвать файл нужно Xxxxxx_photo.jpg, где Xxxxxx – ваша фамилия латинскими буквами. Фотография не будет общедоступной, её смогут увидеть только преподаватели. Нужно это для увеличения вероятности того, что мы начнем узнавать вас в лицо. Но если вы все-таки по какой-то причине не хотите нам показывать свою фотографию, то можете положить любую (в рамках приличия 
) картинку в формате JPEG. Баллы снимать за это не будем.
3. Копирование файлов с удаленного компьютера
В папке /P/y26/term1/aa_images найдите файл, названный вашим пользовательским именем, и скопируйте его в директорию ~/term1/credits.
Переименуйте его в aa_formula.png. Можно задать новое имя сразу во время копирования, т.е. в предыдущей команде.
- Cкопируйте файл на свой компьютер с помощью SFTP или SCP клиента.
- Откройте файл на своём компьютере какой-нибудь программой просмотра изображений, определите, формула какой аминокислоты изображена.
Название аминокислоты потребуется для выполнения следующего задания.
4. Редактирование файлов
Вам нужно создать файл ~/term1/credits/aa_and_me.txt с помощью консольного текстового редактора на kodomo (рекомендую nano, но можете использовать mcedit, vim или ne, на свой страх и риск). Файл должен быть сохранен с использованием переносов строк в формате Unix, используемом во всех Unix-подобных операционных системах, включая Linux, MacOS, BSD и т.д. (т.е. с помощью одного байта LF).
Файл должен состоять из двух "абзацев" – частей текста, разделенных пустой строкой (т.е. двумя переносами строки подряд). Первый абзац будет посвящен вам, второй – аминокислоте из предыдущего задания. Внутри абзацев можете использовать переносы строк, чтобы начать некоторые предложения с новой строки, если разделение напрашивается по смыслу. Но не увлекайтесь!
В первом абзаце нужно написать три-пять предложений про себя. Можете указать родной город, в какой школе учились, какие-то свои увлечения или умения. Указанная информация будет доступна только преподавателям биоинформатики (любой преподаватель может посмотреть файлы в вашей домашней папке).
Во втором абзаце должна быть приведена следующая информация.
- Русское и английское название аминокислоты, изображенной на скопированной вами картинке.
- Её трехбуквенное и однобуквенное обозначения на английском.
Формула аминокислоты в формате SMILES. Что такое SMILES и где искать формулы, почитайте в интернете, поиск информации – это важный навык. Предполагается, что вы найдете формулу SMILES для аминокислоты и скопируете её в свой файл, а не станете составлять самостоятельно или перепечатывать вручную.
Список кодонов, соответствующих этой аминокислоте в генетическом коде большинства прокариот (таблица 11).
Ответ на каждый пункт должен быть фразой, построенной по правилам русского языка! Хотя бы по схеме "Имя: Вася.", но лучше более развернуто. Копировать текст из задания запрещается. Нумеровать пункты не нужно, но их порядок лучше соблюдать. Оцениваться будет, в том числе, отсутствие языковых ошибок и опечаток (включая расстановку знаков препинания), соответствие формальным требованиям по формату, упомянутым выше.