Подсказки

Найти миоглобин, не зная AC

С помощью Advanced search в Uniprot cоздается запрос такого вида

taxonomy:"leptonychotes weddellii" name:myoglobin

Можно в окошко поиска вставить такой запрос с заменой на научное название выбранного вида; обычно это два слова: "название_рода название_вида"

Если ничего не нашлось, значит, еще не секвенировали, не повезло (:

Минимум по Jalview

• Установка под linux Автор Дима Климов, химфак

• Зная AC последовательностей, можно скачать все последовательности из Uniprot:

  • Меню File => Fetch sequences => Uniprot => Retrieve IDs

  • В окошке пишите AC последовательностей через ;
  • OK и получаете в окошке все последовательности. Сразу показываются все особенности последовательностей. Это неудобно.

• Убрать особенности: Меню View => Feature settings и убрать все галочки

  • Дополнения к файлу подсказок. (Д.Климов)
    • Полностью удалить "особенности" можно так:
    • кликаем ЛЕВОЙ кнопкой 2 раза на любую точку в нашей "sequence features";
    • октроется диалоговое окно, озаглавленное Amend/Delete Features For ...
    • там будет два поля "start" и "end", и чуть ниже заветная кнопочка Delete;
    • в этих двух полях можно задать номера точек (диапазон "от" и "до"), которые хотим исключить из последовательности features;
    • по умолчанию указан весь диапазон, поэтому нажатие на Delete полностью убивает данную фичу.
• Загрузить последовательности из fasta файла

  • File => Input alignment (последовательности не обязаны быть выровненными)

• Выровнять последовательности из окошка

  • Web Service => Alignment и выберите одну из программ. Чаще всего выбирают muscle (with default)

• Раскраска аминокислотных остатков.

  • Color => Clustal X - по свойствам аминокислот

  • Color => Above Identity Threschold, 100% - окрашены только те колонки, в которых стоят одинаковые буквы во всех последовательностях

• Отметить нужные колонки (те, в которых боковые цепи выходят на поверхность)
  • Проверьте, что в Annotations стоит Show annotation. Появлятся снизу место для (или с ) аннотациями.
  • Сверху полосы слева правой кнопкой откройте меню с Add row. добавьте строчку и назовите её (например, surface)
  • Полосу с аннотациями можно подтянуть к последовательностям мышкой.
  • Чтобы отметить колонки выделите их. Курсор поместите в строку с аннотацией. По правой кнопке откроется меню. Выберите Label и поставьте букву или символ для отметки.

На сегодня все. ААл

Остатки, выходящие на поверхность

На странице Whatif выберите слева Accessibility. Эта функция для каждого остатка вычисляет площадь его поверхности доступную для взаимодействия с водой и другими молекулами. Её части Side. - боковая цепь, Back. - остов и Tot. Acc. сумма. Нас интересует Side., т.к. суммарный заряд поверхности зависит от того, какая боковая цепь.

Accessibility => Accessible Molecular Surface (которая per residue)

Входной параметр один - PDB файл. Его нужно upload (не знаю как по русски). Окошко для PDB кода не находит его

Сохраняете таблицу, которая выглядит примерно так

---------------------------------------------
Res# Res    PDB#        Tot. Acc.     Back.     Side.
    1 GLY (   1 )A        18.7390   18.7390    0.0000
    2 LEU (   2 )A         6.4746    5.7757    0.6990
    3 SER (   3 )A         9.6912    3.7500    5.9413
    4 ASP (   4 )A        31.6511    3.4204   28.2306
    5 GLY (   5 )A         8.5468    8.5468    0.0000
    6 GLU (   6 )A        11.8005    0.3495   11.4510
    7 TRP (   7 )A         5.3464    0.3495    4.9969
    8 GLN (   8 )A        41.8147    2.6379   39.1769

N-концевой (первый) и C-концевой (последний) остатки считаем по Tot. - краевой эффект.

Давайте считать, что остаток выходит на поверхность, если Side. >= 14 ангстрем квадратных. Это не мировая константа, а моя интуиция

Таблица зарядов аминокислотных остатков

Таблица взята из Mirceta et al., 2013