ГАВРИШ ОЛЬГА

ФББ - 1 курс - группа 102
Основное
Детали
Практики

Практика №12. Карта Рамачандрана.



1. Измерение торсионных углов остатка Val10 в белке 1JMK_BACSU, цепь C.

Название
двугранного
угла 		Угол определенный по координатам атомов Данный угол описывает
поворот вокруг связи 		Результат измерения
с помощью RasMol
φ
  • 1.ASP9:C.C 46 (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А)
  • 2.VAL10:C.N 52(азот пептидной связи между 9 и 10 остатками)
  • 3.VAL10:C.CA 53 (альфа углеродный атом валина (10))
  • 4.VAL10:C.C 54 (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
 Ni — C&alphai -143.83
ψ
  • 1.VAL10:C.N 52 (азот валина (10))
  • 2.VAL10:C.CA 53 (альфа углеродный атом валина(10))
  • 3.VAL10:C.C 54 (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
  • 4.THR11:C.N 59 (азот треонина(11))
C&alphai — Ci 144.46
ω
  • 1.VAL10:C.CA 53 (альфа углеродный атом валина(10))
  • 2.VAL10:C.C 54 (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
  • 3.THR11:C.N 59 (азот треонина (11))
  • 4.THR11:C.CA 60 (альфа углеродный атом треонина (11))
 Ci — Ni+1 179.02


2. Схема нахождения угла



3. Карта Рамачандрана
На картинках последовательно: Все остатки заданного белка, все остатки в альфа-спиралях и все остатки в бета-листах.

Получить скрипт для изображений!
© by OlGavrish, 2010