Для работы был выбран белок мальтодекстрин, чья структура была расшифрована методом РСА (PDB ID: 1EZO) и ЯМР (PDB ID: 1ANF). Разрешение структуры РСА 1.67 Å, количество моделей в структуре ЯМР 10. На рис.1 и 2 показано наложение структур, полученных обоими методами Видно, что в целом структуры похожи
Рисунок 1. Наложение структур. РСА структура показана голубым, ЯМР - розовым
Рисунок 2. Наложение структур. РСА структура показана голубым, 10 моделей ЯМР - розовым
Будем считать, что между донором и акцептором протона есть водородная связь, если расстояние между ними ≤ 3,5 Å. Для изучения были выбраны три водородные связи: в бета-листе, в ядре, в петлях на поверхности.
Взаимодействующие остатки показаны на рис. 3, 4, 5 соответственно, а в таблице 1 приведено описание рассмотренных связей.
Рисунок 4. Взаимодейтвие остатков Glu221 (O)--(N) Lys219
Рисунок 3. Взаимодейтвие остатков Gly265 (O)--(N) Ile60
Рисунок 5. Взаимодейтвие остатков Tyr210 (O)--(N) Trp230
Таблица 1. Описание рассмотренных связей
Таким образом, в связь № 1, локализованная в боковой цепи была найдена только в одной модели ЯМР. Возможно, это связано с большей подвижностью петлей и боковых цепей а.о. в принципе.
Связь № 2 обнаружена в трех моделях ЯМР, а связь № 3, расположенная в ядре белка рядом с участком связывания мальтозы, в ЯМР моделях не обнаружена.