Практикум 10

В этом практикуме мы изучали, как различные мутации изменяют последовательность белка.
Для этого из NCBI были получены последовательности белка ACE84782.1 и геном бактерии Cellvibrio japonicus Ueda107. Из генома с помощью программы seqret из пакета EMBOSS была получена последовательность кодирующей последовательности данного белка. Затем в этой последовательности совершались различные изменения ("мутации"), и она переводилась в белковую с помощью программы transeq. После этого программой needle, выполняющей алгоритм Нидлмана-Вунша (глобальное выравнивание) было получено выравнивание последовательностей с мутациями и последовательности без них. Полученные выравнивания были визуализированы в программе Jalview, и с помощью нее были получены изображения с отдельными участками выравнивания.

Выполненная работа показывает, что различные мутации в различных частях кодирующей последовательности могут приводить к разным изменениям в последовательности белка: миссенс-, носсенс- и синонимичным мутациям, а также к сдвигу рамки считывания, вставке или удалению аминокислот.

Результат доступен в Таблице.