Блоки в множественном выравнивании
Нахождение и разметка блоков в множественном выравнивании
С помощью Pfam в белке B3PEE6 был идентифицирован домен семейства Glycosyl hydrolases family 31. Было скачано выравнивание выборки
Seed, число последовательностей сокращено до 20 с помощью выставления порога Remove redundancy в 83%.
Затем, после удаления колонок из гэпов, еще несколько последовательностей были удалены вручную. Их осталось 16, и к ним была добавлена
последовательность белка B3PEE6, после чего они снова были выравнены Muscle.
После всего этого были размечены блоки. Всего их было найдено 7, хотя два из них короткие - по 6 аминокислот.
Вы можете скачать результат в формате проекта Jalview.