на главную страницу

Функции.Классификация. Коды ферментов.

  • поиск фермента по его коду.
    заданный код-2.7.1.40 На главной странице сайта IUPAC был выбран раздел, посвященный химической номенклатуре(nomenclature & symbols). Далее пошёл по гиперссылке по биохимической номенклатуре (JCBN). И на этой страничке было выбрана номенклатура феоментов(enzyme nomenclature). 
    EC 2 Transferases(Трансферазы)-катализируют перенос функциональных групп и молекулярных остатков между молекулами;
EC 2.7 Transferring phosphorus-containing groups - переносят группу, содержащую фосфат;
EC 2.7.1 Phosphotransferases with an alcohol group as acceptor - фосфотрансферазы с алкогольной группой в качестве рецептора; 
EC 2.7.1.40 pyruvate kinase - пируват киназа.

    Другие название пируват киназы:фосфоенолпируват киназа(phosphoenolpyruvate kinase), фосфоенол трансфосфорилаза(phosphoenol transphosphorylase).
    Реакция, катализируемая пируваткиназой:ATP + pyruvate = ADP + phosphoenolpyruvate
  • сравнение последовательностей пируваткиназ из эволюционно далеких организмов.
    Запрос:([uniprot-ECNumber:2.7.1.40*] & (([uniprot-ID:*_Ecoli*] | [uniprot-ID:*_Human*]) | [uniprot-ID:*_Metja*]))
     
    UniProt ID
    UniProt AC
    Имя гена
    Первый домен
    Второй домен
    Идентификатор Pfam
    Положение в последовательности
    Идентификатор Pfam
    Положение в последовательности
    1 KPYK1_ECOLI P0AD61 PYKF PF00224 1-345 PF02887 355-469
    2 KPYK2_ECOLI P21599 PYKA PF00224 4-350 PF02887 361-477
    3 KPYK_METJA Q57572 - PF00224 97-326 PF02887 331-446
    4 KPYM_HUMAN P14618 PKM2 PF00224 41-394 PF02887 408-528
    5 KPYR_HUMAN P30613 PKLR PF00224 85-438 PF02887 452-572
    6 Q9UCV6_HUMAN Q9UCV6 -        
    7 O75758_HUMAN O75758 - PF00224 110-463 PF02887 477-597
    8 A2UN64_ECOLI A2UN64 -        
    9 A2UM16_ECOLI A2UM16 -        
  • Оценка сходства последовательностей аминокислот в гомологичных доменах.
    была использована,встроенная в srs, программа попарного выравнивания needle. Выше диагонали находятся результаты выравнивания домена PF00224, а ниже-PF02887. Чтобы выйти на страничку с выравниванием надо щёлкнуть на процент идентичности.
      KPYK1_ECOLI KPYK2_ECOLI KPYK_METJA KPYM_HUMAN KPYR_HUMAN O75758_HUMAN
    KPYK1_ECOLI 100% 40.3% 28.4% 51.8% 51.0% 50.7%
    KPYK2_ECOLI 24.8% 100% 23.8% 37.7% 37.0% 36.7%
    KPYK_METJA 26.1% 23.6% 100% 27.4% 26.5% 26.3%
    KPYM_HUMAN 38.7% 33.9% 25.4% 100% 74.1% 73.8%
    KPYR_HUMAN 36.4% 30.7% 26.6% 63.1% 100% 99.7%
    O75758_HUMAN 36.4% 30.7% 26.6% 63.1% 100% 100%

    Видно,что идентичность последовательностей KPYM_HUMAN, KPYR_HUMAN и O75758_HUMAN гораздо более 50%, так как они являются гомологичными доменами одного организма(человека) , хотя у доменов из ecoli идентичность маленькая. Также в основном небольшое совпадение среди доменов разных организмов, что объясняется тем, что человек и кишечная палочка эволюционно довольно далеки.
    ©Дёмин Олег