Сигналы и мотивы 2
Поиск мотивов аналогичных ACACCA в полном геноме HKU16 и родственных вирусов
Поиск осуществлен программой FIMO, примененной к выходным данным MEME. Настройки по умолчанию не выявили ни одного мотива, поэтому порог E-value был изменен на одну позицию (до менее 0.001). В итоге было получено множество мотивов, совпадающих с исходным (результат по ссылке).
Далее осуществлено сравенение консенсуса последовательностей Козак поздних генов HKU16 и человека Homo sapiens. Logo для человека было загружено из интернета, а logo для коронавируса построено по шести нуклеотидам до старт-кодона и двум после для каждого позднего гена (изображение построено сервисом Web Logo 3).
Данные консенсусы имеют единственную относительно совпадающую позицию (кроме тривиального старт-кодона) - второй нуклеотид после AUG кодона, но его часто не включают в консенсус из-за того, что его значение невелико. Таким образом, консенсусные последовательности Козак человека и коронавируса HKU16 почти не имеют ничего общего.
Поиск аналогичных мотивов также был произведен в близкородственных вирусах. Так как у данного коронавируса нет иных штаммов, в качестве наиболее близкого был выбран вирус из того же подгена, им стал коронавирус обыкновенной мурены. В итоге полученное множество мотивов совпало с множеством мотивов исходного вируса, из чего следует, что мотив не является специфичным для данного вида (результаты по ссылке). На это же указывает статья.
В качестве более дальнего родственника был использован коронавирус свиязей - HKU20. Он находится в одном роду с HKU16. Аналогично было получено то же множество мотивов, что соответствует указанной выше статье. Выдача находится по ссылке. Таким образом, мотив также неспецичен для подрода.
Из того, что количество мотивов превысило количество поздних генов можно предположить, что или несколько мотивов ACACCA регулируют транскрипцию, или что мотив может выполнять иную функцию.
Дополнительно данный мотив был проверен в геноме человека (проверка, является ли он специфичным для чего-то вообще). Даже при самом высоком в веб-интерфейсе пороге E-value - единице, во всем геноме человека не нашлось ни одного такого мотива (результат по ссылке. Это позволяет сделать вывод, что между человеком и родом Дельтакоронавирусов есть таксон, для которого данный мотив специфичен.