PSI-BLAST

Задание 1.

Было произведено 4 интерации. Максимальное число находок было задано 20000. Таблица для лчших и худших находок интераций в этом файле .

Найдено последовательностей:

1 интерация - 968

2 - 976

3 - 977

4 - 977

На 4 интерации хороший результат. Большая ступень e-value, что доказывает что результат стабилизировался.

Задание 3

Задание было выполнено с помощью muscle -in seqdump3.fasta -out musclealign.fasta -maxiters 2 . Использовалось только 2 итерации, так как третья длилась слишком долго. Результаты в файле

Задание 4

Изначально было выбрано 20 последовательностей, после порога Remove Redundancy = 60% (чтобы убрать наиболее схожие) осталось 11. После я их выровняла с помощью muscle: muscle -in 15.fasta -out 16.fasta. Результаты в файле

Задание 5

Было построено еще одно выравнивание с помощью программы mafft на сервере kodomo. mafft 15.fasta > 48.fasta. Результаты в файле

C помощью программы muscle я сравнила два выравнивания, полученные ранее. Команда muscle -profile -in1 16.fasta -in2 48.fasta -out both.afa Я изменила расширение у файла both с afa на fasta. Наблюдается большие участки сходства. Участки сходства выделены как группы. Изображение результата в файле

Файлы проекта: task3 , task 4-5 task3

Anna Zheltova

Задание 1.