Филогенетические деревья
- Филогенетическое дерево 8 бактерий
II. Реконструкция филогенетических деревьев
- Таксономия: стандарт NCBI
- Реконструкция дерева по белкам одного семейства
- Реконструкция дерева с помощью JalView
III. Алгоритмы реконструкции деревьев. Укоренение и бутстреп
- Укоренение в среднюю точку
- Использование внешней группы
- Бутстрэп
IV. Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям. Деревья, содержащие паралоги
- Построение дерева по нуклеотидным последовательностям
- Построение и анализ дерева, содержащего паралоги
Функции белков
V. Классификация ферментов (EC)
- Информация о ферменте GALK2
- Ферменты человека с близкими функциями
- Функции ферментов со сходными последовательностями
VI. Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)
- Метаболические пути фермента GALK2
- Структурные формулы соединений
- Метаболический путь между двумя веществами
- База данных KEGG - необходимые инструменты
VII. Функциональная роль гена в подсистеме. GO, SEED, [String]
- Белок из прокариотической системы секреции
- Использование GO, SEED, String
- Геном, в котором гены подсистемы, колокализованные в одной выборке, не колокализованы
- Cравнение SEED и STRING
VIII. Особенности мембранных белков
- Белок MetI (3TUI) E.coli и его гомологи в других организмах
- Анализ структуры MetN
- Анализ множественного выравнивания трансмембранных белков - гомологов MetI
- Правило "positive inside": проверка нправила а MetI
- Предсказания ТМ бета-баррелей по последовательности
- Остатки бета-барреля, обращенные в мембрану
Домены и их эволюция
IX. Каспазный домен: структура и филогения
- Каспазный домен
- Архитектуры с каспазным доменом
- Архитектуры в последовательностях организмов разных таксонов
- Филогения
X. Профили
- Построение профиля, выделяющего подсемейство из семейства Pfam