| |
Занятие 1. Элементарные эволюционные события
Оценить давление отбора на ген заданного белка (работа с веб-сервером PAL2NAL)
Построение выравниваний
Программа BLASTp для белка ILVC_ECOLI по белкам синегнойной палочки выдает лучшую находку с очень низкой гомологией - ID=33%.
Поэтому возьмем ортолога из чумной палочки ILVC_YERPA ID=92%.
Нуклеотидные последовательности генов этих белков: кишечная палочка, чумная палочка.
Построим попарные белковое и нуклеотидное выравнивания
с помощью программы needle с параметрами по умолчанию. Нуклеотидное выравнивание не соответствует белковому, в нуклеотидном выравнивании
довольно много разрывов. Попробуем изменить параметры needle для улучшения выравнивания - увеличим штрафы за
разрыв до 20. Теперь белковое и нуклеотидное выравнивания совпадают.
-
PAL2NAL
PAL2NAL - это программа, которая представляет множественные выравнивания
белковых последовательностей и соответствующих нуклеотидных в вид кодонового
выравнивания. Программа строит нуклеотидную последовательность с разбивкой на кодоны,
даже если исходная нуклеотидная последовательность имеет несоответствия с
исходной белковой, нетранслируемые участки, сайты полиаденилирования или сдвиги рамки.
Программа считает значения KA/KS.
С помощью PAL2NAL построим выравнивание
сравниваемых генов с разбивкой на кодоны. Как видно выравнивание совпадает
с тем, что было получено с помощью needle. Неясно, почему "atg не соответствует метионину".
С помощью PAL2NAL получим значения Ka/Ks для сравниваемых генов (для этого выбираем
"Remove gaps, inframe stop codons" и "Calculate KS and KA" и формат любой кроме Codon with Amino acid). Значение KA / Ks < 1.
ВЫВОД: с момента расхождения кишечной палочки и чумной палочки ген ilvc подвергался
отрицательному (стабилизирующиму) отбору.
|