Занятие 1: Что такое филогенетическое дерево
Цель занятия - поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий.
Из предложенного списка бактерий отдела Firmicutes случайным образом были выбраны следующие 7 бактерий:
Отобранные бактерии
| Название | Мнемоника |
| Bacillus subtilis | BACSU |
| Clostridium tetani | CLOTE |
| Enterococcus faecalis | ENTFA |
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA |
| Lactobacillus delbrueckii | LACDA |
| Listeria monocytogenes | LISMO |
| Staphylococcus epidermidis | STAES |
Скобочная формула дерева
На основе приведённого (в задании) филогенетического дерева было составлено филогенетическое дерево для выбранных организмов. Ниже указана скобочная формула составленного дерева (в формате Newick):
(CLOTE, ((LACDA, ENTFA), (((BACSU, GEOKA), LISMO), STAES)));
Изображение дерева
С помощью программы MEGA было создано изображение дерева:
Ветви дерева
Если считать нетривиальной ветвью такую, которая разбивает множества листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента, то данное дерево содержит четыре нетривиальные ветви:
- {LACDA, ENTFA} против {CLOTE, BACSU, GEOKA, LISMO, STAES}
- {BACSU, GEOKA} против {CLOTE, LACDA, ENTFA, LISMO, STAES}
- {BACSU, GEOKA, LISMO} против {CLOTE, LACDA, ENTFA, STAES}
- {BACSU, GEOKA, LISMO, STAES} против {CLOTE, LACDA, ENTFA}