Филогенетическое дерево, скобочная формула, нетривиальные ветви.
Ортологи и паралоги, построение дерева паралогов
Сигналы, матрицы PWM и IC.
Мотивы и сигналы
REBASE, PSI-blast
Создание HMM-профиля для двухдоменной архитектуры
Анализ набора белков с помощью базы данных Human Protein Atlas
Анализ расположения белков в мембранах.