Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2008

Cеместры Студенты Преподаватели
 
 
На главную страницу
 
  2007
 
  2006
  2005
  2004
2003
2002

Cеместр I. Объекты и инструменты

Каждый студент получает имя гена, файл с пространственной структурой белка, закодированного в этом гене, и название бактерии.

В течении семестра студент создает отчеты о белке, его функции и особенностях пространственной структуры, а также о бактерии. Окончательный отчет оформляется на персональном web-сайте.

Инструменты (компьютерные программы), которые предстоит изучить и пользоваться ими, таковы. Стандартные приложения: FAR manager, Word, Excel, Internet Explorer, Outlook Express; специализированные: ACD/ChemSketch, RasMol. Для создания интернет-страницы предстоит выучить язык HTML.

Персональные данные для каждого студента :
белок E.coli (идентификаторы последовательности),
пространственная структура белка (PDB-код),
бактерия


Блок 1: FAR Manager. Internet. HTML.

1.

Что такое биоинформатика?
5 и 8 сент., А.В.Алексеевский
[презентация]

2.

FAR Manager
12 и 15 сент., А.В.Алексеевский, Е.А.Аксянов

[задания с подсказками]   [инструкция по FAR]  [задания по FAR]

3.

Интернет: URL и протоколы
19 и 22 сент., А.В.Алексеевский, Е.А.Аксянов

[задания с подсказками]  

4.

Поиск в интернет
26 и 29 сент., А.В.Алексеевский, Е.А.Аксянов

[задания с подсказками]   [тезисы лекции]

5.

HTML
3 и 6 окт., А.В.Алексеевский, Е.А.Аксянов

[задания]   [тезисы лекции]   [инструкция по html, ссылки на учебники]

6.

HTML. Зачётное задание
10 и 13 окт., А.В.Алексеевский, Д.А.Алексеевский, Е.А.Аксянов

[правила зачёта за 1й блок]   [примеры тэгов и их атрибутов; см. Source, а не дизайн!!!]   [схема сайта]  


Памятка для проверяющего учебные сайты (окончательная редакция от 18 октября 2008):
[критерии оценки сайта]   [форма для оценки сайта студентом] 2-я группа: заполнить до 22 окт.(вкл.); 1-я - до 25 окт.

Блок 2: MS-Excel

7.

Excel-1
17 и 20 окт., О.Н.Занегина, А.В.Алексеевский

[задания]   [подсказки]   [лекция]

8.

Excel-2
24 и 27 окт., О.Н.Занегина, А.В.Алексеевский

[задания]   [подсказки]   [лекция]

9.

Зачётная контрольная по Excel
31 окт. и 3 нояб., О.Н.Занегина, А.В.Алексеевский

Для контрольной необходимы выполненные обязательные задания практикумов 7 и 8

Блок 3: Работа со структурами молекул

10.

ChemSketch
7 и 10 ноября, Д.Н.Жемолдинов, С.А.Спирин
[задания]  [подсказки]

11.

Банк PDB и программа RasMol
14 и 17 ноября, Д.Н.Жемолдинов, С.А.Спирин
[задания]  [подсказки]  [презентация]

12.

Работа с программой RasMol
21 и 24 ноября, С.А.Спирин
[задания]  [подсказки]  [краткое описание RasMol]  [имена атомов]

13.

Работа с программой RasMol (продолжение)
28 ноября, 1 декабря, С.А.Спирин, Д.Н.Жемолдинов
[задания]  [подсказки]

14.

Работа с программой RasMol (окончание)
5, 8 декабря, С.А.Спирин, Д.Н.Жемолдинов
[задания]

15.

Контрольная работа по программе RasMol
12, 15 декабря
[задание]

 

Зачётное задание по блоку 3