Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2008

Cеместры Студенты Преподаватели
 
 
На главную страницу
 
  2007
 
  2006
  2005
  2004
2003
2002

Cеместр II. Работа с последовательностями белков

Объекты, с которыми надлежит ознакомится:
банки данных UniProt и Medline (PibMed); парное и множественное выравнивание последовательностей.

Инструменты (компьютерные программы), которые предстоит изучить:
поиск в банках данных (SRS, Entrez-PubMed); работа в командной строке Linux (пакет EMBOSS); автоматическое парное выравнивание последовательностей белков (needle, water); поиск по сходству последовательностей (BLAST); автоматическое множественное выравнивание (Muscle); работа с имеющимся множественным выравниванием (GeneDoc).

Белки, выданные студентам

Блок 1: банки данных.

1.

Банк последовательностей белков UniProt
9 и 13 февраля 2009, О.Н.Занегина
[задания]  [доп. задания]  [указания]  [презентация]

2.

SRS
16 и 20 февраля 2009, О.Н.Занегина

[задания]  [доп. задания]  [указания]   [презентация]

3.

PubMed
27 февраля, 1 марта 2009, О.Н.Занегина

[задания]  [доп. задания] 

Блок 2: парное выравнивание и поиск по сходству

4.

Пути эволюции аминокислотных последовательностей. Первое понятие о выравнивании.
16 и 6 марта 2009, А.Б.Рахманинова
[задания]  [указания]  [презентация]

5.

Парные выравнивания аминокислотных последовательностей.

13 и 23 марта 2009, А.Б.Рахманинова, С.А.Спирин
[задания]  [указания]  [презентация]

6.

BLASTP
20 и 30 марта 2009, А.Б.Рахманинова, С.А.Спирин
[задания] 

Блок 3: Множественное выравнивание

7.

Биологический смысл выравнивания
10 и 13 апреля 2009, О.Н.Занегина, А.В.Алексеевский
[задания]  [презентация]

8.

Множественное выравнивание
17 и 20 апреля 2009, С.А.Спирин
[задания]  [презентация]

9.

Мотивы, паттерны и профили
24 и 27 апреля 2009, О.Н.Занегина
[задания]  [презентация]

10.

Программа PSI-BLAST
4 и 8 мая 2009, С.А.Спирин
[задания]