2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Практические занятия к курсу "Молекулярное Моделирование Биополимеров"
Правила сдачи зачёта
Связи с тем, что практикум предполагает использование суперкомпьютера и время доступа ограничено, то ожидается, что к этому моменту студенты будут знакомы с материалом. Для достижения этого результата необходим контроль за исполнением заданий. Итак:
- Начиная с 3его занятия штраф за не сделанную вовремя работу 0.666.
- 3 и 4ый практикум можно сдать без штрафа до 10 марта.
- Если сумма баллов за практикумы менее 0.5 от максимальной, то студент получает дополнительный вопрос на зачёте.
- На зачёт предполагается две пары (т.е. два раза по 1.5 часа), очередность сдачи зачёта соответствует сумме балов за практикум (хуже баллы дальше очередь).
Жду рациональных предложений.
Результаты
1. Знакомство с Pymol
12 февраля 2013, А.В.Головин. [задания] [презентация]
2. Работа Pymol
19 февраля 2013, А.В.Головин. [задания] [подсказки]
3. Cеми-эмпирические вычисления: Mopac
26 февраля 2013, А.В.Головин. [задания]
4. Abinitio вычисления для нафталина и азулена
5 марта 2013, А.В.Головин. [задания]
5. Вычисление валентных параметров для молекулярной механики
12 марта 2013, А.В.Головин. [задания]
6. Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики
19 марта 2013, А.В.Головин. [задания]
7. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS
26 марта 2013, А.В.Головин. [задания]
8. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS
2 апреля 2013, А.В. Головин [задания]
9. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS
9 апреля 2013, А.В. Головин [задания]
10. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом
16 апреля 2013, А.В. Головин [задания]
11. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка
23 апреля 2013, А.В. Головин [задания]
12. Пример использования трехмерного QSAR анализа для предсказания активности низкомолекулярных соединений в отношении данного белка.
30 апреля 2013, А. Гришин, А.В. Головин [задания]
12A. Расчёт энергии сольватаци димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP.
30 апреля 2013, А.В. Головин [задания]
13. Макромолекулярный докинг
7 мая 2013, А.В. Головин [задания]