2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Зачетное задание по оценке качества структуры, решенной методом РСА
Составьте отчет о качестве расшифровки структуры вашего белка методом РСА. Ваш белок – тот, который был на 1м курсе или другой, на ваш выбор.
Deadline будет уточнен после согласования даты коллоквиума.
Требования к структуре
Сервер EDS “знает” PDB код. Следовательно, авторы структуры опубликовали в PDB экспериментальные данные – файл структурных факторов, который можно скачать.
Имеется и доступна публикация авторов об этой структуре. Обычно, она указана в PDB файле; иногда депонирование в PDB опережает публикацию и тогда можно поискать статью в PubMed по авторам или PDB коду.
В случае, если статья имеется в PubMed, но вам не удается ее получить, напишите преподавателям и сообщите идентификатор ее в PubMed или название и авторов.
Требование к оформлению отчёта
Отчет должен быть представлен в файле формата .doc (или docx, или pdf) с названием XXXXXXX_report.doc, лежащим в директории Term7/Credits
- В отчете необходимо придерживается правил оформления статей.
Во-первых, это значит, что должен быть связный текст, понятный любому компетентному читателю. Нагромождение больших таблиц, полученных с серверов, недопустимо!
- Во-вторых, нужны стандартные для публикаций разделы, заголовки. В данном случае примерно такие:
- Название (примерно, такое: "Отчет о качестве расшифровки структуры белка .... (PDB код ...) методом рентгеноструктурного анализа")
- Автор
- Аннотация - несколько фраз о том, что сделано в отчете
- Введение - о самом белке со ссылками на публикацию (публикации); цели, с которой авторы взялись за расшифровку структуры; oб основном биологический результате статьи.
- Результаты и обсуждение - о собственной работе. В этот раздел можно включить и данные из публикации - о разрешении, других параметрах оценки структуры, - со ссылками. Так же данные, полученные с разных серверов, должны включаться со ссылками на PDb, EDS и др. Ваша работа, в данном случае, состоит в систематизации информации.
- Заключение - несколько фраз с вашей оценкой качества расшифровки структуры и, может быть, обоснованности выводов авторов статьи, сделанных на основе структуры.
- Если захотите - раздел Благодарности
- Список литературы, включающий ссылку на статью (статьи), сервер EDS, др. программы, банк PDB ... В тексте можно будет ссылаться на номер, а не писать каждый раз название публикации или интернет адрес.
Требования к содержанию
- Общая информация о модели:
- метод решения фазовой проблемы
- состав комплекса,
- год
- фамилии авторов
- число измеренных рефлексов (в файле структурных факторов)
(?) число и процент рефлексов с силой сигнала >3.0
- разрешение, в том числе, минимальное и максимальное разрешение для использованных рефлексов (всегда указано на странице EDS),
- число использованных рефлексов и полноту рефлексов в процентах
- наличие некристаллографических симметрий в асимметрической ячейке
- Значения индикаторов качества модели в целом
- R-фактор
- R_free
- число маргинальных остатков по карте Рамачандрана
- Рисунок “Карта Рамачандрана изучаемой структуры” и заключение по ней
- Средние значения других индикаторов (тех, смысл которых вам ясен!)
- Таблица со списком нескольких (не более 15!!!) маргинальных остатков/гетеромолекул с указанием показателя, по которому отобраны. Следует смотреть на остатки
- с худшими значениями RSR факторов
- из запрещенной области карты Рамачандрана
- с неблагоприятной конформацией боковых цепей
- с неблагоприятным окружением:
- His, Asn, Gln с подозрением на необходимость инверсии боковой цепи (из PDBreport)
- остатки, в которых полярные атомы (а) не образуют водородных связей и при этом (б) не выходят на поверхность белка
- молекулы растворителя (воды), не фиксированные водородными связями (в том числе, с молекулами из соседних ячеек!)
- остатки, находящиеся в cis (или не trans и не cis) конформации
- могут быть приведены и другие маргиналы (с объяснением)
- Детальный анализ 5 маргинальных остатков и/или гетеромолекул (воды, ионов, лигандов …). В первую очередь, интересен анализ тех остатков, роль которых обсуждается в статье. Один-два таких остатка можно исследовать и в том случае, если они не маргинальны ни по каким параметрам. Наибольшее подозрение вызывают остатки, маргинальные по нескольким параметрам.
- Для каждого из остатков следует привести индикаторы, свидетельствующие об его маргинальности или, наоборот, “правильности”
- Каждый из остатков должен быть продемонстрирован с помощью рисунка в тексте отчета; рисунок должен демонстрировать то, почему считается, что он - маргинал
- По каждому из этих 5 остатков/гетеромолекул должен быть приведен вывод: маргинальность, вероятно, связана с ошибкой расшифровки или такова особенность данного остатка (по вашему мнению); вывод нужно обосновать
- Не менее, чем для одного остатка привести рисунок электронной плотности вокруг него и проанализировать насколько обоснованно данный остаток вписан в “экспериментальную” электронную плотность.