Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010

Deadline будет уточнен после согласования даты коллоквиума.

Сервисы и программы для использования в отчёте

  1. Сервис MolProbity. Функции

    • Построение карте Рамачандрана с лучшими на сегодня границы предпочитаемых и допустимых областей.
    • Выявление маргинальных остатков по отклонению боковых цепей от ротамеров
    • Выявление инверсий боковых цепей Asn, Gln, His
    • Выявление недопустимых наложений атомов. При этом добавляются отсутствующие в файле водороды.

Последовательность действий

Таблички с результатами по маргинальным остаткам, карты Рамачандрана доступны по ссылкам. Возможна on-line визуализация встроенным визуализатором KiNG

Сервер позволяет скачать все результаты, включая PDB файл с добавленными водородами и исправленными боковыми цепями Asn, Gln, His.

  1. Сервис PDB. Полезная информация и ссылки со страницы структуры.

    • Файл структурных факторов
    • Sequence (из меню над страницей структуры) - последовательность с разметкой вторичной структуры и сайтов; при вызове Jmol (Java applet, аналог Rasmol) визуализация управляется щелканьем по последовательности, элементам вторичной структуры и др. Удобно.
    • Literature - упрощает поиск статьи
    • Methods - удобное описание метода расшифровки, параметров кристаллографической ячейки и др.
    • Link - ссылки на страницы этой структуры в других сервисах; в частности:
      • на PDB_redo - структуру, оптимизированную стандартной проверенной программой, исходя из представленных авторами PDB файла экспериментальных данных; содержит ссылки на протоколы WHAT_CHECK исходного файла и стандартно опитимизированного
      • Протокол проверки качества WHAT_CHECK (из пакета WHAT IF)
      • Протокол проверки качества PROCHECK (на сайте PDBsum)
      • Electron Density Server (EDS)
  2. Протокол проверки качества WHAT_CHECK. Наиболее полный протокол. Содержит все показатели, которые обсуждались в лекции.

  3. Сервер EDS. Содержит информацию

    • сводную о разрешении, кристаллографической ячейке и др., пересчитанную стандартной программой EDS; обычно, незначительно отличается от информации в исходном PDB файле
    • файл с "экспериментальной" электронной плотностью
    • RSR - пространственный R-фактор для всех остатков и молекул растворителя
    • Significant regions - участки с повышенным RSR фактором, особенно подозрительные на наличие неточностей в координатах атомов
    • Z-score - относительный R-фактор остатков/молекул воды; Z-score вычисляется относительно всех остатков такого же типа из структур с примерно таким же разрешением.
    • Temeperture factor для всех атомов
  4. Протокол проверки качества структуры PROCHECK. Функции

    • Строит карту Рамачандрана - менее точную, чем MolProbity. Оценивает по ней качество.

    • Строит и оценивает карту торсионных углов χ1 и χ2 боковых цепей.

    • ...

В целом, перекрывается MolProbity

Другие полезные ссылки