2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Для зачёта необходимо:
Сдать коллоквиум по РСА (с оценкой)
- Написать отчет по структуре белка: качество РСА расшифровки, ошибки, подозрительные места (белок с 1го семестра или по согласованию с преп.)
Получить зачёт по журнальноиу клубу: реферат + доклад и активное участие (с оценкой)
- Продемонстрировать владение навыками, перечисленными ниже (см. также ведомость). По результатам практикумов, отчёта, КР и др.
Обязательные навыки
- Интерпретировать особенности PDB файла, решенного методом РСА (X-ray): отсутствие фрагмента цепи, коэффициент заполнения (occupancy) и альтернативные конформации (alter code), температурный фактор (B factor), наличие молекул воды и ионов в структуре.
- Строить "экспериментальную" электронную плотность вокруг остатков
- Восстанавливать кристалл белка, находить контакты молекул из соседних ячеек
- Отличать кристаллографические и некристаллографические симметрии белков и комплексов молекул
- Владеть основными методами оценки качества РСА структуры и выявления ошибок в ней (оценивается по отчёту о структуре)
- Интерпретировать структуру, решенную методом ЯМР (NMR)
- Находить вторичную структуру, описывать бета-листы
- Определять вторичную структуру в PDB-файле, бета листы (SheeP), интерпретировать результаты
- Определять типичные укладки в структуре (сэндвичи, баррели, Rossman, пучок спиралей, спирализованную спираль (coiled coil), и ряд других)
- Находить структурные мотивы (a-b-a, меандр, интерлок и ряд других)
- Находить гидрофобное ядро и гидрофобные кластеры на интерфейсе (CluD)
- Находить структурные домены, их классификацию и описание (SCOP, CATH, программы)
- Построение поверхности, раскраска по заряду
- Анализировать белок-белковые и др. интерфейсы
- Совмещать полипептидные цепи (при заданном соответствии атомов, без заданного соответствия)
- Использовать поиск в PDB по сходству структур (PDBeFold)
- Использовать гибкое совмещение полипептидных цепей (FATCAT)
{{{ * Находить критерии маргинальности на основе анализа статистики (напр. по углу омега) Снято, т.к. не бало в заданиях 
- Разбираться в литературе по структурам (оценка по реферату/докладу)