2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Дополнительные задания
3. Отображение консервативных участков последовательности на структуре
- Пользуясь Jalview, в выравнивании из задания 1 свяжите вашу последовательность с файлом PDB (см. инструкцию по Jalview).
- Откройте окно со структурой
- Раскрасьте выравнивание по консервативности, используя схему раскраски BLOSUM62
- Опишите расположение консервативных остатков (в ядре глобулы или на поверхности; в петлях или в элементах вторичной структуры; консервативны ли остатки, связывающие лиганды или субстраты; и т.п.)
4. Другие программы множественного выравнивания
Попробуйте разобраться с другими программами выравнивания, установленными на kodomo, а именно mafft и/или edialign. Чтобы получить подсказку по mafft, достаточно выполнить команду mafft -help
для edialign можно поступить аналогично (только имейте в виду, что help длинный и обычно его начало, то есть самая нужная часть, вылезает за пределы окна Putty), а можно просто выполнить команду "edialign" без параметров и ответить на задаваемые программой вопросы. Программа edialign принимает один входной файл и выдаёт два выходных файла, из который первый содержит "текст для чтения", а второй — выравнивание в fasta-формате (поэтому только второй пригоден для обработки другими программами, например для импорта в JalView). Сравните выравнивания, выданные разными программами – совпали ли они?
5. Знакомство с некоторыми программами обработки множественных выравниваний
Попробуйте самостоятельно освоить программы consambig, distmat и plotcon. Все эти программы входят в пакет EMBOSS (как и needle, water, edialign, но не muscle и mafft), поэтому их можно запускать в интерактивном режиме (выполнить соответствующую команду без параметров и затем отвечать на вопросы). Чтобы прочитать подробное описание программы из EMBOSS, выполните команду tfm с параметром — именем программы, например
tfm distmat
описание листается как выдача программы more — клавишами "пробел" и "Enter", выход — клавиша "q". Если дойдёте до программы "plotcon", то имейте в виду, что это программа с графической выдачей, поэтому на вопрос "Graph type" нужно отвечать не по умолчанию ("x11", в этом случае программа попытается выдать картинку на экран монитора, но не сможет этого сделать, так как связь посредством Putty этого не позволяет), а указать один из возможных форматов выходного файла: "data", "ps", "gif", "png", "pdf". Если указать "data", программа сформирует текстовый файл с таблицей, пригодный для импорта в Excel. В остальных случаях будет создан графический файл соответствующего формата.
Посмотреть список программ пакета EMBOSS, имеющих отношения к выравниваниям, можно, выполнив команду
wossname alignment