Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2011

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Терминология

Множественное выравнивание последовательностей

Коллеги! Слегка отредактировал задание и дописал подсказки. Спасибо Игорю Иванову, который указал на нестыковки в заданиях. Они вызваны различиями в GeneDoc и JalView и недостаточно аккуратным копированием задания с прошлого года

Приношу извинения за несвоевременное исправление недочетов в заданиях. ААл.

1.Выравнивание набора гомологов своего белка

a. Получите 5–10 гомологов своего белка, используя BLAST на NCBI.

• Выборка должна быть достаточно представительной, то есть не состоять только из очень похожих последовательностей.См. подсказки.

b. Постройте множественное выравнивание своего белка и всех найденных гомологов.

• Откройте выравнивание в JalView (см. подсказки и указания по jalview.)

c. Опишите структуру выравнивания:

• Есть ли участки с повышенной долей консервативных позиций? См. подсказки

  • Укажите координаты:
    • по столбцам выравнивания
    • по остаткам вашего белка
• Есть ли участки, где выравнивание недостоверно, то есть скорее всего не имеет биологического смысла? Если есть, укажите их координаты.

d. Укажите, какие группы сходных аминокислот образуют в вашем выравнивании функционально консервативные позиции

• См. подсказки

• Какая группа (или какие две-три группы) встретилась среди функционально консервативных позиций больше всего раз?
• Ссылка на файл с выравниванием должна быть на html странице с отчётом.

Уточнение в ответ на замечание Д. Бредихина. Выравнивание нужно сохранить как "проект JalView": в основном окне "File" => "Save project". На html странице следует поставить ссылку на этот файл (расширение .jar).

Можно также вставить в html страницу графический файл с изображением выравнивания (дополнительно к ссылке на выравнивание в лбюом формате): "File" => "Export image" и выбираете формат, например, png.

2. Программа Muscle

Задача – получить выравнивание вирусных белков, называемых "малыми дельта-антигенами", посредством программы muscle и посмотреть на него в JalView.

1. Используя SRS, получите файл с последовательностями малых дельта-антигенов в формате fasta, см. подсказки.

2. Откройте файл в JalView. Это невыровненные последовательности. Попробуйте на глаз определить, где нужно вставить пробелы, чтобы гомологичные остатки оказались в одной колонке.

3. Пользуясь возможностями JalView, подберите по своему вкусу раскраску консервативных и функционально консервативных позиций. В отчёте приведите изображение выравнивания или ссылку на него. Сохраните в рабочей директории выравнивание с раскраской в файле delta.msf.

См. подсказки.

Если все обязательные задания сделаны, можете приступать к дополнительным заданиям.