2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Термины, используемые при описании множественного выравнивания
.
- Позиция - колонка выравнивания
- Гэповая позиция - колонка, в которой кроме букв, есть символы пробtлов (гэпов), т.е."-" (иногда - "." или "~")
- Консервативная позиция - позиция, в которой стоит один и тот же остаток во всех последовательностях или почти во всех последовательностях
Позиция называется абсолютно консервативной если один и тот же остаток во всех последовательностях (значит, и гэпы не допускаются!)
Для неабсолютно консервативных последовательностей указывают процент консервативности, например "консервативность >80%"
- Функционально консервативная позиция - такая, в которой во всех последовательностях стоят аминокислотные остатки, сходные по свойствам
- Сходство можно определять по-разному, например, по положительным значениям матрицы BLOSUM62
- Консервативная позиция является функционально консервативной
- Аналогично консервативным позициям определяется процент консервативности функционально консервативной позиции
- Консенсус - остаток, наиболее часто встречающийся в данной позиции.
- Обычно, консенсусную последовательность пишут под выравниванием
- В некоторых программах консенсус позиции не определяется, если есть разные остатки с примерно одинаковой частотой
В некоторых программах (GenDoc, например) консенсус позиции может быть представлен функциональной группой остатков, обозначенной, например, номером. Например, функциональная группа (серин, треонин)
- Алгоритмы определения консенсуса бывают разные. Например, при вычислении частоты буквы в позиции может учитываться сходство последовательностей (если 100 последовательностей выравнивания совпадают, то следует считать, что каждая имсеет вес 1/100)