Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2011

Зачетное задание по оценке качества структуры, решенной методом РСА

Составьте отчет о качестве расшифровки структуры вашего белка методом РСА. Отчёт должен быть готов к 20 ноября 2014 г.

Требования к оформлению отчёта

  1. Отчет должен быть подготовлен в файле формата .doc (или docx, или pdf). Ссылка на файл должна быть на вашей странице.
  2. В отчете необходимо придерживаться правил оформления статей.

    • Во-первых, это значит, что должен быть связный текст, понятный любому компетентному читателю. Нагромождение больших таблиц, полученных с серверов, недопустимо!

    • Во-вторых, нужны стандартные для публикаций разделы, заголовки. В данном случае примерно такие:
      • Название (примерно такое: "Отчет о качестве расшифровки структуры белка .... (PDB код ...) методом рентгеноструктурного анализа").
      • Автор отчёта.
      • Аннотация – несколько фраз о том, что сделано в отчете.
      • Введение – о самом белке со ссылками на публикацию (публикации); цели, с которой авторы взялись за расшифровку структуры; oб основном биологическом результате статьи.
      • Результаты и обсуждение – о собственной работе. В этот раздел можно включить и данные из публикации: о разрешении, других параметрах оценки структуры, со ссылками. Данные, полученные с разных серверов, должны включаться со ссылками на PDB, EDS и др. Ваша работа в данном случае состоит в систематизации информации.
      • Заключение – несколько фраз с вашей оценкой качества расшифровки структуры и, может быть, обоснованности выводов авторов статьи, сделанных на основе структуры.
      • Если захотите – раздел "Благодарности".
      • Список литературы, включающий ссылку на статью (статьи), сервер EDS, другие программы, банк PDB и т.п. В тексте можно будет ссылаться на номер, а не писать каждый раз название публикации или интернет-адрес.

Требования к содержанию

  1. Общая информация о модели:
    • состав комплекса;
    • год;
    • фамилии авторов;
    • метод решения фазовой проблемы;
    • число измеренных рефлексов (в файле структурных факторов);
    • число и процент рефлексов с силой сигнала, превышающей стандартное отклонение более чем в три раза (посчитайте!);
    • разрешение, в том числе минимальное и максимальное разрешение для использованных рефлексов (всегда указано на странице EDS);
    • число использованных рефлексов и полноту набора рефлексов в процентах;
    • наличие некристаллографических симметрий в асимметрической ячейке.
  2. Значения индикаторов качества модели в целом
    • R-фактор;
    • R_free;
    • число маргинальных остатков по карте Рамачандрана;
    • рисунок “Карта Рамачандрана изучаемой структуры” и заключение по ней;
    • средние значения других индикаторов (тех, смысл которых вам ясен!).
  3. Таблица со списком нескольких (не более 15!) маргинальных остатков или гетеромолекул с указанием показателя, по которому они отобраны. Следует смотреть на остатки:
    • из запрещенной области карты Рамачандрана;
    • с неблагоприятной конформацией боковых цепей;
    • с худшими значениями RSR факторов;
    • с неблагоприятным окружением:
      • His, Asn, Gln с подозрением на необходимость инверсии боковой цепи (из PDBreport);
      • остатки, в которых полярные атомы (а) не образуют водородных связей и при этом (б) не выходят на поверхность белка;
      • молекулы растворителя (воды), не фиксированные водородными связями (в том числе с молекулами из соседних ячеек!)
      • остатки, находящиеся в cis (или не trans и не cis) конформации;
      • могут быть приведены и другие маргиналы (с объяснением).
  4. Детальный анализ 5 маргинальных остатков и/или гетеромолекул (воды, ионов, лигандов). В первую очередь интересен анализ тех остатков, роль которых обсуждается в статье. Один-два таких (упомянутых в статье) остатка можно исследовать и в том случае, если они не маргинальны ни по каким параметрам. Наибольшее подозрение вызывают остатки, маргинальные по нескольким параметрам.
    • Для каждого из остатков следует привести индикаторы, свидетельствующие об его маргинальности или, наоборот, “правильности”.
    • Каждый из остатков должен быть продемонстрирован с помощью рисунка в тексте отчета; рисунок должен демонстрировать то, почему считается, что он – маргинал.
    • По каждому из этих 5 остатков/гетеромолекул должен быть приведен вывод: маргинальность, вероятно, связана с ошибкой расшифровки или такова особенность данного остатка (по вашему мнению); вывод нужно обосновать.
    • Не менее чем для одного остатка надо привести рисунок электронной плотности вокруг него и проанализировать, насколько обоснованно данный остаток вписан в "экспериментальную" электронную плотность.

  5. Сравнение модели из PDB с моделью из PDB_redo. Вы решаете, как сравнивать и о чем написать.