Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2011

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Задание второго занятия

Форма отчёта: html-страницы, демонстрирующие два умения;

• (к 16 октября) Построение соседних ячеек кристалла и анализ внутрикристаллических контактов макромолекулярного комплекса, для двух структур.
  • Отчет должен включать, в частности,
  • изображение структуры и соседних ячеек
  • изображение наиболее важных контактов между кристаллическими ячейками
  • выводы
• (к 23 октября) Восстановление функции ЭП по полным и неполным наборам гармоник в одномерном случае; определение разрешения структуры при неполном наборе: интерпретация результата восстановления ЭП.

Допустимы ссылки на файлы с отчетом.

Восстановление кристалла

1. Объясните странное расположение белковых цепей в структуре ДНК-белкового комплекса 3HDD.

   • Используйте PyMol (см подсказки )

   • Покрасьте две цепи белка в разные цвета, ДНК – третьим цветом. Сохраните картинку и вставьте её в отчёт.

   • Определите цепь белка, находящуюся "на краю" двойной спирали ДНК. Восстановите соседние с этой цепью кристаллографические ячейки (команда symexp, см. подсказки). Найдите и опишите водородные связи этой цепи с ДНК из соседней ячейки. Содержательные выводы обязательны!

2. Опишите контакты молекул из "своей" записи PDB, поддерживающие структуру кристалла

   • Найдите кристаллографические характеристики "своей" записи PDB (поле CRYST1). Внесите в таблицу против своей фамилии PDB-код, длины направляющих векторов кристалла, углы между ними, кристаллографическую группу и число молекул в ячейке.

   • Опишите контакты с молекулами из соседних ячеек

Восстановление функции по коэффициентам её ряда Фурье

3. Исследуйте качество восстановления функции одной переменной в зависимости от того, какие и сколько гармоник ряда Фурье используются для ее восстановления.

[ план выполнения задания ] [ расчет коэффициентов Фурье и восстановление функции ] [ cкрипты ]