Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Язык R и его применение в биоинформатике

RStudio

Система для выполнения домашних заданий После регистрации пишите на fbbrcourse [собака] gmail.com, чтобы мы добавили вас в группу, тогда станут доступны домашние задания.

[Шпаргалка по функциям]

Занятия

1. 13 февраля. Введение. Знакомство с R-Studio. Базовый тип - вектор, dataframe. Графики.

• [лекция1]

Tutorial

2. 27 февраля. Графика. Отсутствующие данные. Матрицы. Списки.

[лекция2]

Tutorial

3. 27 февраля. Факторы. Файлы. Статистика.

[лекция3]

Tutorial

4. 6 марта. Тесты ассоциации, GWAS. if, for, apply, merge

• Lecture4

Tutorial

5. 20 марта. Контрольная работа

[Файлы к контрольной работе]

6. 20 марта. Преобразование данных (reshape2). Графика (ggplot2). Чистка данных.

[лекция5]

Tutorial

7. 27 марта Линейные модели, часть 1.

• [лекция 6]

• Датасет - цены на ноутбуки

  • Tutorial

8. 27 марта Линейные модели, часть 2.

[лекция 7]

Датасет - паттерны эпигенетических модификаций в промоторах и энхансерах

Tutorial

1. 3 апреля. Множественное тестирование, кластеризация.

   • [часть 1]

   • [часть 2]

   • [ Tutorial ]

     • Кластеризация - продолжение

   • [часть 2]

   • [ Tutorial ]

2. 10 апреля. Классификаторы: SVM, Random Forest.

   • [ Лекция - SVM ]

   • [Случайный лес]

   • [ Tutorial ]

     • BioconductoR, дифференциальная экспрессия по данным RNA-seq

   • Лекция - дифференциальная экспрессия

   • Tutorial

3. 17 апреля. GO анализ.

   • [ Tutorial ]

4. 17 апреля. Контрольная работа 2 [Файлы к контрольной работе]