Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Практикум 2. UNIPROT

Обязательным является задание 1.

Задания 2 и 3 – дополнительные для повышения рейтинга.

Результаты должны быть представлены на своем сайте. Допускается гиперссылка на таблицу xls. Описания и обсуждения должны быть на странице html. Подумайте, как вписать новую страницу в структуру вашего сайта.

Войдите на kodomo с помощью Putty и перейдите в директорию для данного практикума.

1. Сравните описание вашего белка с описанием того же белка из геномов двух других представителей рода Bacillus. Такие белки называются ортологами. Опишите различия в описаниях и прокомментируйте источник различий: действительные различия белков; разные синонимы в описаниях; неполнота аннотации одного из белков; …

Этапы

  1. Получить полную запись своего белка (entret)

  2. Описать белок в соответствии с таблицей (less, grep)

  3. Ответить на не менее, чем 3 вопроса из списка. Информация, на которой основан ответ, должна быть внесена во вторую часть таблицы.

  4. Найти ортологов из рода Bacillus и выбрать двух (Uniprot, поиск по ключевым словам)
  5. Получить полные записи этих белков (entret)
  6. Дополнить таблицу информацией про них (grep, less)
  7. Описать различия. Предположить какие из описаний вашего белка можно перенести на его ортологов.
  8. Представить полученные данные на своем сайте

Дополнительные задания

2.(*) Найдите число предполагаемых ортологов вашего белка в базах данных Swissprot и TrEMBL. Используйте поиск в Uniprot по названию белка. Приведите запрос(-ы), число находок по каждому запросу в каждой из баз данных. Прокомментируйте результат.

3.(***) Найдите оперон, в который входит ген вашего белка и опишите его структуру. Результат должен включать: названия генов, направления генов, расстояния между соседями, описания продуктов генов (продукт гена -белок), а также - если справитесь - cкриншот изображения генов оперона.