Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Список вопросов

Для ответа можно использовать не только запись Uniprot, но и статьи, найденные в Pubmed. В этом случае должна быть приведена ссылка на источник.

  1. В какой части бактериальной клетки локализован Ваш белок? На какой участок вашего белка Вы бы стали воздействовать,чтобы помешать его правильной локализации в клетке?
  2. Какие аминокислотные остатки (номер, трехбуквенный код, русское название) Вы бы стали мутировать, чтобы повлиять на структурную целостность Вашего белка?
  3. Какие аминокислотные остатки Вы бы стали модифицировать, чтобы изменить характер связывания металла с белком?
  4. Какие аминокислотные остатки участвуют в образовании активного центра? (перечислите №№ позиций и полные названия)
  5. Какие ионы связываются с белком?
  6. Какие мутации Вашего бека исследованы? Какие аминокислотные остатки (русское название, трехбуквенный код, номер в цепи) мутировали и к чему это приводило?"
  7. Какие участки белка (напишите номера аминокислотных остатков) участвуют в связывании лиганда? Какого?
  8. Какой остаток или последовательность какого участка вашего белка была сначала опеределена поразному разнами исследователями?
  9. Какой функции этого белка посвящена одна из статей, упомянутых в записи?
  10. Мутация по какому аминокислотному остатку нарушит связывание белка с каким-либо субстратом?
  11. Напишите номера и названия аминокислотных остатков, чьи боковые цепи связаны ковалентной связью.
  12. Опишите функцию и состав комплекса, в который входит данный белок.
  13. Получите последовательность 2-й альфа-спирали, используя команду seqret пакета EMBOSS.
  14. Получите последовательность 3-го бета-тяжа, используя команду seqret пакета EMBOSS.
  15. Последовательности большинства белков начинаются с метионина. Почему? После биосинтеза в процессе созревания белка метионин может быть удален. Указан ли метионин в начальной позиции заданного белка? А удаляется ли он потом?
  16. Предложите мутации, влияющие на связывание с ДНК.
  17. Предложите мутацию, которая, на Ваш взгляд, сильно повлияет на активность белка. Ответ требует краткого обоснования
  18. Укажите аминокислотный остаток (русское название, трехбуквенный код, номер в цепи), который модифицируется в белке после его трансляции, и охарактеризуйте эту модификацию.
  19. Укажите аминокислотный остаток (русское название, трехбуквенный код, номер в цепи), необходимый для выполнения белком своей функции.
  20. Укажите вероятные полиморфизмы - отличия в последовательности белка, полученного из разных организмов того же вида.
  21. Укажите положение сигнального пептида в последовательности (от - до) и опишите роль этого пептида