2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
Восстановление кристалла из PDB файла
Технические подсказки см. здесь.
1. В структуре "своего" белка опишите взаимодействия с белками из соседних ячеек, определяющие стабильность кристалла из белков
Отчет должен включать:
- кристаллографические характеристики из записи PDB (поле CRYST1): длины направляющих векторов кристалла, углы между ними, кристаллографическую группу и число молекул в ячейке;
изображение части кристалла — содержимого ячейки из PDB файла и ряда соседних ячеек; постарайтесь, чтобы была видна структура кристалла из белков, а не мелкие детали;
изображения (≥1) контактов между белками из соседних ячеек, поддерживающих структуру белкового кристалла; здесь важно продемонстрировать область контакта, размер области и взаимодейтсвующие остатки;
- число разных зон контакта между белками из соседних ячеек;
- заключение о том, почему данный белок удалось кристаллизовать, и о том, отражают ли контакты белков в кристалле природные взаимодействия этих белков при ди- или олигомеризации (по вашему мнению).
2. Объясните странное расположение белковых цепей в структуре ДНК-белкового комплекса
- Выберите одну их структур: 3hdd ( белковая цепь "на краю" ДНК) или 1mnm (конец альфа-спирали, уходящий вдаль).
- Восстановите ячейки, соседние со "странностью".
- Найдите и опишите контакты с соседней ячейкой, обясняющие странность.
- В отчете проиллюстрируйте странности и приведите выводы.