2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Требования к белку для выполнения большинства заданий:
Сервис EDS должен знать PDB-код.
- Это равносильно тому, что автор модели структуры положил в PDB экспериментальные данные, а не только модель.
- Экспериментальные данные называются "Файл структурных факторов" (Strucure factors). Он доступен для скачивания в PDB (если есть)
- Имеются подходящие структурные гомологи белка (одного из, если в модели несколько белков)
Проверка PDBeFold => launch => Query - ваш PDB код, подождите результата, в таблице с находками посмотрите чтобы было 5 или более разных белков с RMSD от 0.8 до 3.0 ангстрем (колонка такая, оценка сходства) и N_align (колонка такая, число сопоставленных C_alpha) от половины числа аминокислотных остатков входного белка до 90%. Все числа не являются мировыми константами. Если проблемы - спрашивайте.
- Для отчёта по качеству структуры крайне желательна статья, опубликованная по результатам расшифровки. Обычно она указывается в самом PDB файле. Если статья есть, но нет доступа к полному тексту, то напишите преподавателям.
Скорее всего, структура вашего белка из первых семестров окажется подходящей.