2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
Для вашего pdb файла изучите полноту данных в файле структурных факторов
- Используйте свой pdb код.
- Файл структурных факторов скачивается из PDB. Для pdb кодов, известных серверу EDS, он должен присутствовать в PDB. Файл так и называется "Structure factors". Он текстовый. Теперь, кажется, используется формат mmCIF (текстовый) для всего
- В отчёт включите
- ссылку на файл со структурными факторами (Excel табл)
- число структурных факторов в файле
- не менее 10 примеров неизмеренных структурных факторов
- если есть колонка _refln.status, то число структурных факторов, использованных для оптимизации модели (это те, что в колонке стоит "o"
- В mmCIF формате
- данные об измеренных структурных факторах начинаются со строки "loop_"
- ниже построчно идут названия колонок
- ниже идут строки с измерениями
- одна строка - один измеренный структурный фактор; в ней обязательно есть следующие данные
- целые числа h, k, l - три колонки _refln.index_h _refln.index_k _refln.index_l
- F - среднее значение измерений структурного фактора _refln.F_meas_au
- F_sigma - ср. кв. отклонение от среднего _refln.F_meas_sigma_au
- могут быть и другие колонки:
- _refln.status - использован ли структурный фактор для оптимизации модели
- _refln.F_calc - структурный фактор, рассчитанный по модели
- _refln.phase_calc - фаза, рассчитанная по модели
- одна строка - один измеренный структурный фактор; в ней обязательно есть следующие данные
- Скопируйте в файл Excel таблицу структурных факторов; вставьте заголовки колонок (транспонировав их)
Не измеренные структурные факторы соответствуют явно пропущенным тройкам чисел (h,k, l). Явно пропущенные - это такие, что (1) их нет в файле; (2) хотя бы одна тройка (h',k', l') с h'>=h, k'>=k, l'>=l Присутствует в файле.