Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Отчёт о "своих" прокариоте, белке, вирусе

Этот отчёт нужен для того, чтобы мы могли проверить информацию, которую Вы должны будете поместить на своем сайте. Сайт будет открыт для всего мира, и по нему смогут судить о Вас и о нашем факультете.

Обратите внимание: если используется информация откуда-то, кроме самой выданной записи или картинок из геномного браузера на сайте NCBI, то должна стоять ссылка на источник этой информации. Как оформлять ссылки - см. тут, раздел 7.

"Текстовое описание" – это один или несколько абзацев связного текста, содержащего в том числе требуемую информацию. Чтобы понять, является ли Ваш текст связным, представьте себе, что этот текст появляется в начале параграфа "Вирус XXX", "Бактерия YYY" или "Белок ZZZ" учебника: то есть его должен прочитать человек, не имеющий никакого представления о содержимом страницы с этим заданием и не знающий ничего конкретного о вашем вирусе, прокариоте или белке.

Пример отчёта

Раздел 1. Вирус

1. Текстовое описание вируса должно содержать:

   • английское название вируса;

   • (*) к какому классу относится вирус по типу носителя генома (указан в поле OC после слова Virus в записи EMBL; в поле Taxonomy в записи RefSeq или GenBank);

   • (*) информацию о хозяине вируса и/или его особенностях;
   • идентификатор выданной вам записи с геномом вируса в базе данных EMBL;
   • описание того, последовательность чего приведена в записи: полного генома вируса, фрагмента генома или еще какая-то;
   • длину последовательности в записи (с указанием единицы измерения - нуклеотиды или пары нуклеотидов);
   • число генов в выданной записи, ссылку на табл.1;

   • Таблицу 1 с описанием генов вируса (таблица 1 из pr3);

   • ссылки на рис. 1 и 2 и описание особенностей расположения генов, изображенных на этих рисунках (случаев перекрытия генов, наличие сдвига рамки считывания при трансляции (translational frameshift) и др.).

2. Рисунок 1, показывающий расположение генов в геноме (или его фрагменте) (рисунок 1 из pr4)

3. Рисунок 2, показывающий какую-либо особенность генов; если таковых не обнаружено, то 5' конец гена c инициаторным кодоном или 3'-конец со стоп-кодоном (рисунок 2 из pr4)

Раздел 2. Прокариотический организм

1. Текстовое описание прокариотического организма должно содержать:

   • полное латинское название (род, вид, штамм);
   • принадлежность к домену (бактерия или архея);
   • (*) информацию о самой бактерии/археи: где живет, чем интересна и др.

   • идентификатор(ы) записи(ей) в базе данных RefSeq на сайте NCBI, которые содержат информацию о полном геноме этого организма;

   • длину последовательности полного генома (если записей несколько – то отдельно для каждой и сумму, в парах нуклеотидов);

   • общее число генов в полном геноме;
   • число генов, кодирующих белки;
   • описание оперона АТФ-синтазы, включающее:
     • объяснение, что такое АТФ-синтаза;

     • описание вероятного оперона АТФ-синтазы в геноме, а именно, ссылку на рисунок 3, изображающий гены, соседние с данным вам геном одной из компонент АТФ-синтазы (рисунок 4 из пр.4); ссылку на таблицу 2 с генами, соседними с данным геном; ваш вывод о вероятном составе оперона

     • тип АТФ-синтазы (V или F);

2. Рисунок 3 - рисунок с опероном АТФ-синтазы из задания 4 pr4.

3. Таблица 2 - таблица 2 с описанием генов вероятного оперона из pr4.

Раздел 3. Белок

1. Текстовое описание белка должно содержать:

   • русское название белка (перевод поля /product), в скобках - английское название. Ссылка на таблицу 3, в которой приведена минимальная информация о белке и его гене;

   • предположение о том, входит ли этот ген в какой-то оперон; в качестве подтверждения своей гипотезы - отсылка к рис. 4 и указание расстояния между Вашим геном и его ближайшими соседями;

2. Рисунок 4 - рисунок с окружением вашего гена из задания 3 pr4.

3. Таблица 3 - измененная таблица 3 из pr3 (см. ниже)

Таблица 3. Информация о белке <русское название белка в родительном падеже> из организма <латинское название организма> (идентификатор белка в базе данных RefSeq NP_XXXXXX)