Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2013

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2017

• ...

Практикум 5. Задания

Результатом этого задания являются два скрипта на языке Python, соответствующие первому и второму заданиям. Скрипты должны быть положены в папку зачетных заданий до 23:59 дня накануне следующего занятия.

Внимание! Имена скрипта должны быть в том же формате, что и названия протоколов. Поскольку от Вас требуется два файла, в конце имени (до расширения!) после знака подчеркивания проставляйте номер (scrNN, где scr - сокращение от английского слова script, а NN - двухзначный порядковый номер скрипта). Например, Dibrova_pr5_scr01.py и Dibrova_pr5_scr02.py.

Не забывайте смотреть подсказки к заданию и подсказки по python, и не стесняйтесь спрашивать любого из преподавателей, если что-то не получается!

Обязательные задания

Подготовка директорий

• Создайте директорию нового блока (block2) в своей директории первого семестра (term1).

• Создайте рабочую директорию этого практикума (pr5) в директории второго блока (block2).

• Создайте директорию для зачетных заданий второго блока (credits) в директории второго блока.

• Финальные версии скриптов, готовые к проверке, должны находиться в директории зачетных заданий (term1/block2/credits) в срок. Файл протокола с выполненным дополнительным заданием, если это так, скопируйте в директорию для зачетных заданий.

Помните о правильном названии своих директорий и файлов!

В скриптах Python, в том числе в комментариях, правильно использовать только латинские буквы!  

(Для использования русских букв необходимо декларировать кодировку. Правильный подход: учите английский!)

Задание 0 (тренировочное)

• Создайте в Far файл с расширением py и потренируйтесь писать разные команды Python. Лучше делать это в консоли Python (см. подсказки к заданию), но можно и в файле. Во втором случае используйте команду print, чтобы вывести на экран результат. Не бойтесь экспериментировать, попробуйте разные варианты! Например:

  • задайте переменную и присвойте ей целое число;
  • задайте переменную и присвойте ей дробное число;

  • выясните типы заданных переменных с помощью функции type();

  • задайте две переменные с разными строками: одну при этом ограничьте одинарными кавычками ', а другую – двойными ". Есть ли разница?

  • попробуйте сложить эти две строки, вычесть одну из другой, умножить их и разделить одну на другую с помощью стандартных арифметических операторов. Что получается?
  • попробуйте умножить строку на целое число

  • потренируйтесь с оператором подстановки % применительно к строке и числам. Убедитесь, что вы можете подставить с его помощью в одну строку целое число, дробное число с любым нужны числом знаков;

  • проверьте, что происходит при использовании оператора подстановки: отбрасывается ли оставшаяся часть или округляется по математическим правилам?
  • попробуйте разделить на ноль;

  • проверьте Python на прочность: попытайтесь вычислить большую степень от числа 10. Попробуйте посчитать следующие числа: 10¹⁰, 10¹⁰⁰ и т.п. Есть ли предел компьютерной мощности? Оцените, сколько гуголов в том числе, которое компьютер смог посчитать последним.

Задание 1. Напишите скрипт, вычисляющий длину Вашего белка по вводимой пользователем информации

• Создайте новый файл с расширением py и именем <Familiya>_pr5_scr01, где <Familiya> – Ваша фамилия в том же написании, что и раньше.

• Внесите в него с помощью отдельных строк, начинающихся со знака комментария (#), следующую информацию:

  • Номера семестра, блока, практикума и задания, в рамках которого написан этот скрипт (например, # MSU FBB. Bioinformatics. Term 1. Block 2. Practice 5. Task 2.);

  • Название скрипта и версия (например, # Rounder v0.1);

  • Автора скрипта (например, # Author: Dibrova D.D.);

  • Дату последнего изменения скрипта (например, # Last modification date: 04.10.2013 12:10).

  • Две пустые строки

  • Аналогичные данные необходимо вносить в каждый Ваш скрипт!

• Задайте в нем числовые переменные, значения которых получаются в результате ввода пользователя после приглашения, объясняющего, что именно следует ввести:
  • координата начала Вашего гена в геноме;
  • координата конца Вашего гена в геноме;

• Создайте функцию, которая по координатам начала и конца гена в геноме вычисляла бы и возвращала длину белка.

• С помощью этой функции вычислите длину Вашего белка; проверьте, совпадает ли эта длина с тем результатом, который Вы занесли в таблицу 3 практикума 3.
• Сделайте так, чтобы Ваш скрипт выводил на экран посчитанную длину белка (с описанием, что это за число).

Задание 2. Напишите скрипт, правильно округляющий числа типа float до int

• Создайте новый файл с расширением py и именем <Familiya>_pr5_scr02, где <Familiya> – Ваша фамилия в том же написании, что и раньше.

• Создайте в своем скрипте функцию, которая будет делать следующее:

  • Получать на вход число типа float;

  • Преобразовывать его в число типа int, но при этом математически корректно округлять его до целого числа: например, число 3.1 должно округляться до 3, а 3.5 или 3.78 – до 4.

• Сделайте так, чтобы пользователь мог проверить корректность Вашего алгоритма. Для этого предложите пользователю ввести дробное число, округлите его с помощью Вашей функции до целого и выведите результат на экран.

Необязательные задания (на дополнительные баллы)

Задание 3*. Дополнительные комментарии к скрипту

• Оформите более подробную "шапку" обоих скриптов. Для этого после строки с названием скрипта добавьте строки комментариев, содержащие описание функционала скрипта на английском языке.

• При задании функции (! пользуясь специальным способом аннотирования функций, который описан в подсказках по Python), опишите кратко:

  • что делает эта функция;
  • какими должны быть ее аргументы;
  • что функция возвращает.

Задание 4*. Коллекционер и победитель ошибок

Соберите коллекцию ошибок Вашего скрипта, с которыми Вы столкнулись в процессе работы. Предоставьте в папке credits второго блока протокол с обычным именем (например, Dibrova_pr5.doc), в котором будет приведена следующая информация об ошибках. Протокол оформите в удобном для Вас, но не нарушающим правила оформления протоколов, формате. Про каждый случай укажите:

1. Ошибка, выданная Python (чтобы получить текст ошибки в текстовый файл, а не просто на экран, воспользуйтесь подсказками).

2. Место в скрипте, вызвавшее ошибку (та строчка или строчки, из-за которых все пошло наперекосяк).
3. Объяснение, что именно неверно.
4. Исправленная, работающая версия.